<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 27/01/2012 9:50 PM, Anik Sen wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BDE9D87D31C781498280133FD1BE69A51DD29D8A@EXCHANGE.csmcri.org"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style id="owaParaStyle" type="text/css">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,
        0); font-size: 10pt;">Hello,<br>
        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Am anik. Am using gromacs 4.5.5<br>
        I could not find the proper reason of the foillowig failure of
        my job. please help.<br>
        <br>
        <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0,
          0, 0); font-size: 10pt;">
          <span style="font-weight:bold">The following is a part of the
            dna pdb file, which I am using:</span><br>
          <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; OH&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.663&nbsp; 36.760&nbsp; 21.465&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.791&nbsp; 36.040&nbsp; 21.150&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.771&nbsp; 34.703&nbsp; 21.873&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; OS&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.017&nbsp; 34.553&nbsp; 22.577&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.724&nbsp; 34.528&nbsp; 22.970&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; OS&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.540&nbsp; 33.118&nbsp; 23.234&nbsp; 0.00&nbsp;
          0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    The third column here is the atom name, the fourth is the residue
    name.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BDE9D87D31C781498280133FD1BE69A51DD29D8A@EXCHANGE.csmcri.org"
      type="cite">
      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,
        0); font-size: 10pt;">
        <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0,
          0, 0); font-size: 10pt;">&nbsp; <br>
............................................................................................<br>
          <br style="font-weight:bold">
          <span style="font-weight:bold">I am using amber 03 forcefield
            (amber03.ff) whose atom type is as follows:</span><br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          H0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; H aliph. bond. to C with 1
          electrwd. group (03GLY)<br>
          Br&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79.90000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; bromine<br>
          C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C carbonyl group <br>
          CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C pure aromatic (benzene)<br>
          CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 aromatic C, 5&amp;6
          membered ring junction<br>
          CC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 aromatic C, 5 memb. ring
          HIS<br>
          CK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C 5 memb.ring in purines<br>
          CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C&nbsp; pyrimidines in pos. 5
          &amp; 6<br>
..................................................................................................<br>
          <br>
          <br style="font-weight:bold">
          <span style="font-weight:bold">The dna-rtp file in the amber
            03 is as follows:</span><br>
          <br>
          [ bondedtypes ]<br>
          ; Col 1: Type of bond<br>
          ; Col 2: Type of angles<br>
          ; Col 3: Type of proper dihedrals<br>
          ; Col 4: Type of improper dihedrals<br>
          ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.<br>
          ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded
          interactions<br>
          ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens
          if 1<br>
          ; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it
          is 1<br>
          ; bonds&nbsp; angles&nbsp; dihedrals&nbsp; impropers all_dihedrals nrexcl
          HH14 RemoveDih<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
          <br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
          ; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN)
          nuc's <br>
          <br>
          [ DA5 ]<br>
          &nbsp;[ atoms ]<br>
          &nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44220&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
          &nbsp;&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
          &nbsp;&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
          &nbsp; H5'1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
          ............................................<br>
          [ DG5 ]<br>
          &nbsp;[ atoms ]<br>
          &nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44220&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
          &nbsp;&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
          &nbsp;&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
          &nbsp; H5'1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
          &nbsp; H5'2&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
          &nbsp;&nbsp; C4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>
          &nbsp;&nbsp; H4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11760&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
          &nbsp;&nbsp; O4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
          &nbsp;&nbsp; C1'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.03580&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
          ...................................................<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    The first column here is the atom name, the second column is the
    atom type. pdb2gmx has to be able to match atom names in the .pdb
    file with those here, for the given residue. In your case, it can't.
    You will need to rename the atoms in the .pdb file, somehow. When
    you do, make sure you preserve the column formatting of the .pdb
    file.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BDE9D87D31C781498280133FD1BE69A51DD29D8A@EXCHANGE.csmcri.org"
      type="cite">
      <div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000;
        font-size:10pt">
        <div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:rgb(0,0,0);
          font-size:10pt">
          <br>
          <span style="font-weight:bold">But then also when I am running
            the file with the command:</span><br>
          <br>
          pdb2gmx -f dna5.pdb -o dnA5.pdb -p topol.top<br>
          <span style="font-weight:bold">&nbsp;with TIP3P water model</span><br
            style="font-weight:bold">
          <span style="font-weight:bold">I am getting the following
            error:</span><br>
          <br>
          Identified residue DG51 as a starting terminus.<br>
          Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from
          starting residue DG51 (DNA).<br>
          Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from
          starting residue DG51 (DNA).<br>
          Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from
          starting residue DG51 (DNA).<br>
          Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from
          starting residue DG51 (DNA).<br>
          Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from
          starting residue DG51 (DNA).<br>
          More than 5 unidentified residues at end of chain - disabling
          further warnings.<br>
          Identified residue DG51 as a ending terminus.<br>
          8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br>
          Opening force field file
          /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/aminoacids.arn<br>
          Opening force field file
          /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/dna.arn<br>
          Opening force field file
          /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/rna.arn<br>
          <br>
          -------------------------------------------------------<br>
          Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>
          Source code file: pdb2gmx.c, line: 655<br>
          <br>
          Fatal error:<br>
          Atom OH in residue DG5 1 was not found in rtp entry DG5 with
          31 atoms<br>
          while sorting atoms.<br>
          <br>
          <br>
        </div>
        Thanks in advance<br>
        <br>
      </div>
      <div style="font-size:9pt; font-family:'Calibri',sans-serif">========================================================<br>
        Anik Sen<br>
        Student<br>
        CSIR-Central Salt &amp; Marine Chemicals Research Institute,<br>
        Gijubhai Badheka Marg.<br>
        Bhavnagar, Gujarat 364002<br>
        <div><img moz-do-not-send="true" alt="www.csmcri.org"
            src="http://www.csmcri.org/images/logo.png"></div>
        ========================================================</div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>