<br clear="all">I know that this topic has been mentioned again in the mailing list, yet no explicit answer has been given. So my questions are:<br><br>1. How can I utilize the output files of g_cluster (rms-distribution.xvg, cluster-sizes.xvg, cluster-id-over-time.xvg, cluster-transitions* ) to decide which is the best cutoff to use with the gromos algorithm for my analysis? <br>
<br>2. What do these warning messages mean and how can I use them for the cutoff decision?<br><br>WARNING: rmsd cutoff 1.2 is outside range of rmsd values 0.0283 to 0.559<br>WARNING: rmsd minimum 0 is below lowest rmsd value 0.0283<br>
<br><br>I would greatly appreciate any advice!<br><br>Thomas<br><br><br><br><br><br>-- <br>


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">======================================================================</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Thomas Evangelidis</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">PhD student</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">Biomedical Research
Foundation, Academy of Athens</p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">4 Soranou Ephessiou , 115 27
Athens, Greece<br><br>email: <a href="mailto:tevang@bioacademy.gr" target="_blank">tevang@bioacademy.gr</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">                 <a href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>website:
<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><br>
</p>
<br>