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p
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        margin-bottom:0}
-->
</style>
</head>
<body>
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt">Hello,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Am anik. Am using gromacs 4.5.5<br>
I could not find the proper reason of the foillowig failure of my job. please help.<br>
<br>
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:rgb(0,0,0); font-size:10pt">
<span style="font-weight:bold">The following is a part of the dna pdb file, which I am using:</span><br>
<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; OH&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.663&nbsp; 36.760&nbsp; 21.465&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.791&nbsp; 36.040&nbsp; 21.150&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.771&nbsp; 34.703&nbsp; 21.873&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; OS&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.017&nbsp; 34.553&nbsp; 22.577&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CT&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.724&nbsp; 34.528&nbsp; 22.970&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; OS&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.540&nbsp; 33.118&nbsp; 23.234&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
............................................................................................<br>
<br style="font-weight:bold">
<span style="font-weight:bold">I am using amber 03 forcefield (amber03.ff) whose atom type is as follows:</span><br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
H0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group (03GLY)<br>
Br&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79.90000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; bromine<br>
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C carbonyl group <br>
CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C pure aromatic (benzene)<br>
CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 aromatic C, 5&amp;6 membered ring junction<br>
CC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS<br>
CK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C 5 memb.ring in purines<br>
CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; sp2 C&nbsp; pyrimidines in pos. 5 &amp; 6<br>
..................................................................................................<br>
<br>
<br style="font-weight:bold">
<span style="font-weight:bold">The dna-rtp file in the amber 03 is as follows:</span><br>
<br>
[ bondedtypes ]<br>
; Col 1: Type of bond<br>
; Col 2: Type of angles<br>
; Col 3: Type of proper dihedrals<br>
; Col 4: Type of improper dihedrals<br>
; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.<br>
; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions<br>
; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1<br>
; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1<br>
; bonds&nbsp; angles&nbsp; dihedrals&nbsp; impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
; 5' (XXF), 3' (XXT), non-terminal (XX), and monomer (XXN) nuc's <br>
<br>
[ DA5 ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44220&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
&nbsp; H5'1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
............................................<br>
[ DG5 ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp; H5T&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44220&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp; O5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.63180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; C5'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
&nbsp; H5'1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
&nbsp; H5'2&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07540&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
&nbsp;&nbsp; C4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>
&nbsp;&nbsp; H4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11760&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
&nbsp;&nbsp; O4'&nbsp;&nbsp;&nbsp; OS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.36910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
&nbsp;&nbsp; C1'&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.03580&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
...................................................<br>
<br>
<span style="font-weight:bold">But then also when I am running the file with the command:</span><br>
<br>
pdb2gmx -f dna5.pdb -o dnA5.pdb -p topol.top<br>
<span style="font-weight:bold">&nbsp;with TIP3P water model</span><br style="font-weight:bold">
<span style="font-weight:bold">I am getting the following error:</span><br>
<br>
Identified residue DG51 as a starting terminus.<br>
Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from starting residue DG51 (DNA).<br>
Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from starting residue DG51 (DNA).<br>
Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from starting residue DG51 (DNA).<br>
Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from starting residue DG51 (DNA).<br>
Warning: Residue Na2 in chain has different type (Ion) from starting residue DG51 (DNA).<br>
More than 5 unidentified residues at end of chain - disabling further warnings.<br>
Identified residue DG51 as a ending terminus.<br>
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br>
Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/aminoacids.arn<br>
Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/dna.arn<br>
Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/rna.arn<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>
Source code file: pdb2gmx.c, line: 655<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom OH in residue DG5 1 was not found in rtp entry DG5 with 31 atoms<br>
while sorting atoms.<br>
<br>
<br>
</div>
Thanks in advance<br>
<br>
</div>
<div style="font-size:9pt; font-family:'Calibri',sans-serif">========================================================<br>
Anik Sen<br>
Student<br>
CSIR-Central Salt &amp; Marine Chemicals Research Institute,<br>
Gijubhai Badheka Marg.<br>
Bhavnagar, Gujarat 364002<br>
<div><img alt="www.csmcri.org" src="http://www.csmcri.org/images/logo.png"></div>
========================================================</div>
</body>
</html>