<div><div><div>Dear gromacs users,</div><div>I  am attempting to simulate a protein with an active site containing to metals (Ni and Fe). I am trying to mantain the active site structure constraining bonds, angles and dihedrals. </div>
<div>When I simulate the active site alone in water, it remains stable. When I insert the active site in the protein&#39;s scaffold, unfortunately, </div><div>the simulation crashes because of large vibration in bond lenght and angle amplitude in the active site. I am not able to detect big clashes or any structural distortion.</div>
<div><br></div><div>I tried to play with force constants, temperature, time-step, constrains, etc.etc. but I am not able to mantain the simulation stability.</div><div><br></div><div>I am wondering whether exists a tool to dissect the energetic contributions ( including bonded parameters ) permitting me to identify the problem giving rise the crash.</div>
<div><br></div><div>Francesco</div></div><div><br></div>
</div>