<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Justin&nbsp;A. Lemkul wrote:<br><blockquote type="cite"><br>We get junk output with 4.5.4 if the box size is set to zero, for some odd&nbsp;<br>reason, though in principle it should be ignored with "pbc = no" in the .mdp&nbsp;<br>file. &nbsp;Using any non-zero box results in usable results. &nbsp;Our OpenMM version is&nbsp;<br>the same, but Cuda is in the 3.x series (can't remember off the top of my head,&nbsp;<br>sorry).<br><br></blockquote><div><br></div><div>I've tried setting the box size in the gro file but that doesn't seem to work (100x100x100nm). Which compiler did you use? I realise that this is an unlikely source of trouble but it's another variable to eliminate in testing.</div><div><br></div><div>I'll update issue 568 on redmine, which has been closed but appears to be this problem.</div><div><br></div><div>Thanks &amp; best wishes</div><div><br></div><div>Ben</div><div><br></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>--</div><div>Dr Benjamin A Hall</div><div>Centre for Computational Science, Department of Chemistry, UCL</div><div><a href="mailto:benjamin.a.hall@ucl.ac.uk">benjamin.a.hall@ucl.ac.uk</a></div><div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>