Dear Gromacs users!<br><div class="gmail_quote"><br><br>I want to simulate membrane receptor in the Gromos 56 force field in the vacuu and I have some methodological questions.<br><br><br>1- I need to edit topology of my structure by adding one DOUBLE covalent bond between desires atoms ( they have been already placed in the desired adjacent positions by pymol).<br>

<br>I add string in topology.top [bonds]<br><br> 2809  2810     2    gb_5<br><br>Does it enough? What addition modification of the topology file requires for the addition covalent bond?<br><br>Where I could found names of all bonds parametrs such as gb_5 ? <br>

I&#39;ve found that number for the C=O pair so as I understood this must correspond to double planar bond.<br><br>2- I&#39;ve received message that my system consist of 2 negative charges. For water-souluble proteins I just place 2 counter ions in the SOLVENT to neitralize this charge. What I should do for the vacuu simulation ?<br>

<br><br>Thanks!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br>James<br>
</font></span></div><br>