<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Hello Tsjerk,</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Thank you from your reply, but in the many papers, radius of micelle has been obtained from both of them (i.e. gyration and root-mean-square distance from center of mass of micelle). I don't know that how should I compute </span>the radius of a spherical micelle from rms distance of the headgroup atoms from the micelle center of mass. <br></div><div>May I ask you to help me?</div><div><br></div><div>Best Regards</div><div>Dina<br></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Tsjerk Wassenaar
 &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> dina dusti &lt;dinadusti@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sunday, January 29, 2012 2:02 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] root-mean-square distance<br> </font> </div> <br>
Hi Dina,<br><br>g_rms calculates the RMS from pairwise distances after performing a<br>least-squares fit. That's quite different from what you want, and<br>actually is what you get from g_gyrate...<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br>On Sun, Jan 29, 2012 at 8:09 AM, dina dusti &lt;<a ymailto="mailto:dinadusti@yahoo.com" href="mailto:dinadusti@yahoo.com">dinadusti@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear Specialists,<br>&gt;<br>&gt; I have a problem about computing of radius of micelle by<br>&gt; root-mean-square-distance. Please help me.<br>&gt; I obtained radius of my micelle 2.4 nm by g_gyrate.<br>&gt; g_gyrate -f md.xtc -s md.tpr -o gyrate.xvg -b 150000<br>&gt; I want compare it by rms distance.<br>&gt; I use from g_rms as following:<br>&gt; g_rms -f md.xtc -s md.tpr -o distrmsd.xvg -n index.ndx -b 150000<br>&gt; It result me 3.992290e+00 nm after averaging by g_analyze -f distrmsd.xvg<br>&gt; -av<br>&gt; (the radius of a spherical micelle is defined as
 the rms distance of the<br>&gt; headgroup atoms from the micelle center of mass, how should I define com of<br>&gt; micelle in g_rms?)<br>&gt; I think I am wrong somewhere.<br>&gt; May I ask you to help me,Please?<br>&gt;<br>&gt; Best Regards<br>&gt; Dina<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read
 http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br><br><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br><br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>