<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 31/01/2012 5:14 PM, Anushree Tripathi wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAAx43ByV6tuSb8dow=ix=fQCTew7eNYKBF=RyYzT6eCE46-rog@mail.gmail.com"
      type="cite">When I run the command (i.e., <font face="Arial"><font
          size="3"><font face="courier" size="-1">grompp -f nvt.mdp -c
            em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr)for volume
            equilibration.<br>
            <br>
            I am getting the error:<br>
            Fatal error:<br>
            Group DPPC not found in indexfile.<br>
            Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not
            using the '-n' option of grompp.<br>
            In that case use the '-n' option.<br>
            <br>
            Please guide me.<br>
          </font></font></font><br>
    </blockquote>
    <font size="-1"><font face="courier"><br>
        Exactly like it says, you are using a group (DPPC) in your .mdp
        file that is not defined in the default groups. Either define it
        or stop using it.<br>
        <br>
        Mark<br>
      </font></font>
  </body>
</html>