
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear Gromacs specialists,</div><div><br></div><div>Can you help me about g_dist?</div><div>I have a micelle system, I want to obtain distance between center of mass of micelle with the last of carbon bounded to head group in surfactant. <br></div><div>It should be near 2.2 but when I did &nbsp; "g_dist -f md.xtc -s md.tpr -b 150000 -o dist.xvg" and then selected micelle and the last carbon bounded to head group, respectively , and&nbsp; next did "g_analyze -f dist.xvg -av" it give me :&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation

 of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 5.324286e-02&nbsp;&nbsp; 2.182349e-02&nbsp;&nbsp; 3.984406e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.287&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.064<br>SS2&nbsp; -2.000683e-04&nbsp;&nbsp; 3.327947e-02&nbsp;&nbsp;

 6.075972e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.045&nbsp;&nbsp; -0.036<br>SS3&nbsp; -6.405102e-04&nbsp;&nbsp; 3.270624e-02&nbsp;&nbsp; 5.971315e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.001&nbsp;&nbsp; -0.052<br>SS4&nbsp; -2.777796e-04&nbsp;&nbsp; 3.366480e-02&nbsp;&nbsp; 6.146323e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.016&nbsp;&nbsp; -0.013<br></div><div><br></div><div>What should I do for obtain correct distance? <br></div><div><br></div><div>Best Regards</div><div>Dina</div></div></body></html>