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p

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<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt">Hello,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style="background-color:white"><font color="black" face="Tahoma" size="2"><span dir="ltr" style="font-size:10pt">Am anik. Am using gromacs 4.5.5<br>

I could not find the proper reason of the foillowig failure of my job. please help.<br>

<br>

</span></font></span><span style="background-color:white"><font color="black" face="Tahoma" size="2"><span dir="ltr" style="font-size:10pt"><b>The following is a part of the dna pdb file, which I am using:<br>

<br>

</b>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; O5'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.663&nbsp; 36.760&nbsp; 21.465&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C1'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.791&nbsp; 36.040&nbsp; 21.150&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C4'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.771&nbsp; 34.703&nbsp; 21.873&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O4'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.017&nbsp; 34.553&nbsp; 22.577&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C5'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.724&nbsp; 34.528&nbsp; 22.970&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; O3'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.540&nbsp; 33.118&nbsp; 23.234&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C3'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.362&nbsp; 35.323&nbsp; 24.108&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; C2'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.856&nbsp; 35.044&nbsp; 23.903&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; N1 &nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.753&nbsp; 36.193&nbsp; 24.040&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; C8&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.484&nbsp; 37.562&nbsp; 24.004&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; N7&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.551&nbsp; 38.308&nbsp; 24.156&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; C4&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.589&nbsp; 37.359&nbsp; 24.268&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; C6&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.989&nbsp; 37.514&nbsp; 24.448&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; O6&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.648&nbsp; 38.553&nbsp; 24.534&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; N9&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.645&nbsp; 36.287&nbsp; 24.525&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; C2&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.048&nbsp; 35.045&nbsp; 24.439&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; N3&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.848&nbsp; 33.965&nbsp; 24.540&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; N5&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.753&nbsp; 34.884&nbsp; 24.262&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; C5&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.095&nbsp; 36.074&nbsp; 24.193&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; P&nbsp; &nbsp; DT&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.650&nbsp; 32.528&nbsp; 24.445&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 O1P DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.016&nbsp; 31.284&nbsp; 23.943&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 O2P DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.806&nbsp; 33.610&nbsp; 25.015&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; O5' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.743&nbsp; 32.102&nbsp; 25.531&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; C3' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.653&nbsp; 31.088&nbsp; 25.184&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; C2' DT&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.813&nbsp; 31.114&nbsp; 26.126&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; O3' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.429&nbsp; 32.408&nbsp; 26.092&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; C5' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.420&nbsp; 30.906&nbsp; 27.570&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; O4' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.818&nbsp; 29.609&nbsp; 27.955&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; C4' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.171&nbsp; 31.996&nbsp; 28.340&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; C1' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.115&nbsp; 32.536&nbsp; 27.293&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; N3&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.425&nbsp; 33.937&nbsp; 27.428&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; C2&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.741&nbsp; 34.313&nbsp; 27.581&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; O2&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.667&nbsp; 33.515&nbsp; 27.649&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; N1&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.932&nbsp; 35.671&nbsp; 27.666&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; <b><br>

<br>

<br>

But my job is failing, as shown below:<br>

<br>

<br>

</b>[ganguly@localhost anik]$ pdb2gmx -f dna-A.pdb -o dna-B.pdb -p topol.top<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GROtesk MACabre and Sinister<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.5&nbsp; (-:<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,<br>

<br>

...................................................................................<br>

...................................................................................<br>

...................................................................................<br>

<br>

Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/dna.arn<br>

Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/rna.arn<br>

Checking for duplicate atoms....<br>

Now there are 657 atoms. Deleted 7 duplicates.<br>

<br>

-------------------------------------------------------<br>

Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>

Source code file: pgutil.c, line: 91<br>

<br>

Fatal error:<br>

Atom N3 is used in an interaction of type atom in the topology<br>

database, but an atom of that name was not found in residue<br>

number 31.<br>

<b><br>

</b></span></font></span></div>

<div style="font-size:9pt; font-family:'Calibri',sans-serif">========================================================<br>

Anik Sen<br>

Student<br>

CSIR-Central Salt &amp; Marine Chemicals Research Institute,<br>

Gijubhai Badheka Marg.<br>

Bhavnagar, Gujarat 364002<br>

<div><img alt="www.csmcri.org" src="http://www.csmcri.org/images/logo.png"></div>

========================================================</div>

</body>

</html>