<p>Hi Anushree,</p>
<p>You&#39;re not using a single cpu, although you probably think you do. Is this em in vacuum or just a small system? Either way, you can enforce running on a single cpu by adding &#39;-nt 1&#39; to the mdrun options.</p>

<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Jan 31, 2012 7:53 AM, &quot;Anushree Tripathi&quot; &lt;<a href="mailto:anushritripathi@gmail.com">anushritripathi@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br>I am using single CPU for this simulation.<br>
<br><div class="gmail_quote"><p><font color="#500050">On Tue, Jan 31, 2012 at 11:09 AM, Emanuel Birru &lt;<a href="mailto:Emanuel.Birru@monash.edu">Emanuel.Birru@monash.edu</a>&gt; wrote:
</font></p><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p><font color="#500050">&gt;
&gt;  
&gt;
&gt; From: <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] On Behalf Of An...</font></p><font color="#888888">--<br>

gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></font></blockquote></div><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></p>