<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 1/02/2012 1:05 AM, dina dusti wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1328018724.26927.YahooMailNeo@web121306.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">
        <div>Dear Gromacs specialists,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Can you help me about g_dist?</div>
        <div>I have a micelle system, I want to obtain distance between
          center of mass of micelle with the last of carbon bounded to
          head group in surfactant. <br>
        </div>
        <div>It should be near 2.2 but when I did &nbsp; "g_dist -f md.xtc -s
          md.tpr -b 150000 -o dist.xvg" and then selected micelle and
          the last carbon bounded to head group, respectively , and&nbsp;
          next did "g_analyze -f dist.xvg -av" it give me :&nbsp;</div>
        <div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative
          deviation of<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants
          from those of<br>
          set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian
          distribition<br>
          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp;
          cum. 4<br>
          SS1&nbsp;&nbsp; 5.324286e-02&nbsp;&nbsp; 2.182349e-02&nbsp;&nbsp; 3.984406e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          0.287&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.064<br>
          SS2&nbsp; -2.000683e-04&nbsp;&nbsp; 3.327947e-02&nbsp;&nbsp; 6.075972e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.045&nbsp;&nbsp;
          -0.036<br>
          SS3&nbsp; -6.405102e-04&nbsp;&nbsp; 3.270624e-02&nbsp;&nbsp; 5.971315e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.001&nbsp;&nbsp;
          -0.052<br>
          SS4&nbsp; -2.777796e-04&nbsp;&nbsp; 3.366480e-02&nbsp;&nbsp; 6.146323e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.016&nbsp;&nbsp;
          -0.013<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>What should I do for obtain correct distance? <br>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    You've analyzed a data set with four distributions, but you'll have
    to go back to the column labels of dist.xvg to work out how to
    interpret the statistics of each distribution. It looks to me like
    your index groups are not the ones you thought they were.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>