hi justin<br>ę used this mdp. file ..<span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span class="hps">simulation</span> <span class="hps">box</span> <span class="hps">may be wrong</span><span class="">.?..ę used dodecahedron distance edge 2.0 nm.....</span></span><br>
<br>; Run control<br>integrator               = sd       ; Langevin dynamics<br>tinit                    = 0<br>dt                       = 0.002<br>nsteps                   = 2500000  ; 5 ns<br>nstcomm                  = 100<br>
; Output control<br>nstxout                  = 0<br>nstvout                  = 0<br>nstfout                  = 0<br>nstlog                   = 0<br>nstenergy                = 0<br>nstxtcout                = 0<br>xtc-precision            = 1000<br>
; Neighborsearching and short-range nonbonded interactions<br>nstlist                  = 10<br>ns_type                  = grid<br>pbc                      = xyz<br>rlist                    = 1.0<br>; Electrostatics<br>coulombtype              = PME<br>
rcoulomb                 = 1.0<br>; van der Waals<br>vdw-type                 = switch<br>rvdw-switch              = 0.8<br>rvdw                     = 0.9<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>
DispCorr                  = EnerPres<br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing           = 0.12<br>; EWALD/PME/PPPM parameters<br>pme_order                = 6<br>ewald_rtol               = 1e-06<br>epsilon_surface          = 0<br>
optimize_fft             = no<br>; Temperature coupling<br>; tcoupl is implicitly handled by the sd integrator<br>tc_grps                  = system<br>tau_t                    = 1.0<br>ref_t                    = 300<br>; Pressure coupling is on for NPT<br>
Pcoupl                   = Parrinello-Rahman <br>tau_p                    = 0.5<br>compressibility          = 4.5e-05<br>ref_p                    = 1.0 <br>; Free energy control stuff<br>free_energy              = yes<br>
init_lambda              = 0.0<br>delta_lambda             = 0<br>foreign_lambda           = 0.05<br>sc-alpha                 = 0.5<br>sc-power                 = 1.0<br>sc-sigma                 = 0.3 <br>couple-moltype           = system  ; name of moleculetype to decouple<br>
couple-lambda0           = vdw      ; only van der Waals interactions<br>couple-lambda1           = none     ; turn off everything, in this case only vdW<br>couple-intramol          = no<br>nstdhdl                  = 10<br>
; Do not generate velocities<br>gen_vel                  = no <br>; options for bonds<br>constraints              = h-bonds  ; we only have C-H bonds here<br>; Type of constraint algorithm<br>constraint-algorithm     = lincs<br>
; Constrain the starting configuration<br>; since we are continuing from NPT<br>continuation             = yes <br>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix<br>lincs-order              = 12<br><br>
<br><div class="gmail_quote">1 Țubat 2012 19:41 tarihinde Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> yazdę:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im"><br>
<br>
mehmet kęytak wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
hi all...<br>
ę have a problem.. ę got segmentation fault when run nvt equilibration.. ę use below mdp file<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Please post a complete .mdp file.  The Unix &#39;cat&#39; command can be used to print the contents of the text file, which can then be copied and pasted into an email.<div class="im"><br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
couple-lambda0           = vdw      ; only van der Waals interactions<br>
couple-lambda1           = none     ; turn off everything, in this case only vdW<br>
couple-intramol          = no<br>
nstdhdl                  = 10<br>
</blockquote>
<br></div>
It appears you are trying to do a free energy calculation by transforming your system.  Turn off the free energy code to determine whether or not this is a source of the problem.<br>
<br>
&lt;snip&gt;<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Step 3, time 0.006 (ps)  LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
rms 0.337002, max 0.559171 (between atoms 1 and 4)<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
      1      2   90.0    0.1006   0.1091      0.1000<br>
      1      3   90.0    0.2058   0.1141      0.1000<br>
      1      4   90.0    0.3028   0.1559      0.1000<br>
<br>
Back Off! I just backed up step3b_n3.pdb to ./#step3b_n3.pdb.1#<br>
<br>
Back Off! I just backed up step3b_n4.pdb to ./#step3b_n4.pdb.1#<br>
<br>
Back Off! I just backed up step3c_n2.pdb to ./#step3c_n2.pdb.1#<br>
<br>
Back Off! I just backed up step3c_n3.pdb to ./#step3c_n3.pdb.1#<br>
<br>
Back Off! I just backed up step3c_n4.pdb to ./#step3c_n4.pdb.1#<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Segmentation fault<br>
mkiytak@babil:~<br>
<br>
PLEASE HELP ME...<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
LINCS warnings are the most common error reported to this list.  Please refer to the following pages for help:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#LINCS.2fSETTLE.2fSHAKE_warnings" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Errors#LINCS.<u></u>2fSETTLE.2fSHAKE_warnings</a><br>
<br>
If you still can&#39;t find your answer, refer to the list archive.  As I said, such errors are commonly reported.  Surely you&#39;ll find something useful.  The only thing that can be said right now is that your system is unstable.  Either you need better minimization or equilibration (or both), your .mdp settings are incorrect, or the free energy code is causing an instability (which is a symptom of the first two points, it does not suggest the free energy code is not working).<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>