<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 1/02/2012 6:25 PM, Anushree Tripathi wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzrXG4vFgTg4OJoaoZ9TsdDL=8FEPHNYZimroPaghrWKg@mail.gmail.com"

      type="cite">But in coordinate file(.pdb file) ,I am not getting

      the atoms which belongs to DPPC.</blockquote>

    <br>

    You cannot do anything unless you have a coordinate file that

    includes DPPC coordinates. I don't know how to express this any more

    clearly.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzrXG4vFgTg4OJoaoZ9TsdDL=8FEPHNYZimroPaghrWKg@mail.gmail.com"

      type="cite">only I have included the name of dppc.itp file like

      this:<br>

      ;Include DPPC chain topology<br>

      #include "dppc.itp"<br>

      <br>

      That's why I have found the atoms wich belongs to DPPC molecule

      from dppc.itp file itself.<br>

    </blockquote>

    <br>

    These numbers are not useful, as I have already explained.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzrXG4vFgTg4OJoaoZ9TsdDL=8FEPHNYZimroPaghrWKg@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Wed, Feb 1, 2012 at 12:40 PM, Mark

        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0

          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

            <div class="im"> On 1/02/2012 6:04 PM, Anushree Tripathi

              wrote:

              <blockquote type="cite">When I run the command (i.e.,

                make_ndx -f em.gro -o index.ndx) ,it is showing the

                following options:<br>

                &nbsp;0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 18379 atoms<br>

                &nbsp; 1 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11739 atoms<br>

                &nbsp; 2 Protein-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9135 atoms<br>

                &nbsp; 3 C-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 1173 atoms<br>

                &nbsp; 4 Backbone&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3519 atoms<br>

                &nbsp; 5 MainChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4693 atoms<br>

                &nbsp; 6 MainChain+Cb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5773 atoms<br>

                &nbsp; 7 MainChain+H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5842 atoms<br>

                &nbsp; 8 SideChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5897 atoms<br>

                &nbsp; 9 SideChain-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4442 atoms<br>

                &nbsp;10 Prot-Masses&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11739 atoms<br>

                &nbsp;11 non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6640 atoms<br>

                &nbsp;12 Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6636 atoms<br>

                &nbsp;13 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6636 atoms<br>

                &nbsp;14 non-Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11743 atoms<br>

                &nbsp;15 Ion&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 atoms<br>

                &nbsp;16 CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 atoms<br>

                &nbsp;17 Water_and_ions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6640 atoms<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

            So your system has 18K atoms, with 11K protein and the rest

            solvent and ions. As Justin suggested, this coordinate file

            does not have DPPC in it.

            <div class="im"><br>

              <br>

              <br>

              <blockquote type="cite">for my work, I used 16|13 then

                1|11.lastly I saved it using 'q'.But there is no option

                for DPPC (as given in tutorial we have to merge protein

                with DPPC).After runing the command (grompp -f nvt.mdp

                -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr),it is

                showing error:<br>

                <br>

                Group DPPC not found in indexfile.<br>

                Maybe you have non-default goups in your mdp file, while

                not using the '-n' option of grompp.<br>

                In that case use the '-n' option.<br>

                <br>

                To troubleshoot the error,I have kept one more group in

                index.ndx file with number of atoms which I found from

                dppc.itp file(at the end of file) like this<br>

                <br>

                [DPPC]<br>

                1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;

                12&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 15<br>

                16&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;

                27&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp; 30<br>

                31&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;

                42&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp; 45<br>

                46&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp; 50<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

            These numbers have to reference the atom numbers in the

            coordinate file, not the [moleculetype]. Since you've done

            the latter, you get the problem with T-coupling groups. But

            go back and use a coordinate file that actually has DPPC in

            it.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>

                <br>

                Mark</font></span>

            <div class="im"><br>

              <br>

              <blockquote type="cite"><br>

                Again after running the grompp command (grompp -f

                nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o

                nvt.tpr),I am getting the following error:<br>

                <br>

                Atom 1 in multiple T-Coupling groups (1 and 2).<br>

                <br>

                Please suggest me the reason as well as solution for

                this problem.<br>

                <br>

                <fieldset></fieldset>

                <br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

          </div>

          <br>

          --<br>

          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

          <a moz-do-not-send="true"

            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"

            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

          before posting!<br>

          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

        </blockquote>

      </div>

      <br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>