
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 31/01/2012 9:04 PM, Anik Sen wrote:

    <blockquote

      cite="mid:BDE9D87D31C781498280133FD1BE69A51DD2A204@EXCHANGE.csmcri.org"

      type="cite">

      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;

        charset=ISO-8859-1">

      <style id="owaParaStyle" type="text/css">

<!--

p

        {margin-top:0;

        margin-bottom:0}

-->

</style>

      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,

        0); font-size: 10pt;">Hello,<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span style="background-color:white"><font color="black"

            face="Tahoma" size="2"><span dir="ltr"

              style="font-size:10pt">Am anik. Am using gromacs 4.5.5<br>

              I could not find the proper reason of the foillowig

              failure of my job. please help.<br>

              <br>

            </span></font></span><span style="background-color: white;"><font

            color="black" face="Tahoma" size="2"><span dir="ltr"

              style="font-size: 10pt;"><b>The following is a part of the

                dna pdb file, which I am using:<br>

                <br>

              </b>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; O5'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.663&nbsp; 36.760&nbsp;

              21.465&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

              <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C1'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.791&nbsp; 36.040&nbsp; 21.150&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C4'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.771&nbsp; 34.703&nbsp; 21.873&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O4'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.017&nbsp; 34.553&nbsp; 22.577&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C5'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.724&nbsp; 34.528&nbsp; 22.970&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; O3'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.540&nbsp; 33.118&nbsp; 23.234&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C3'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.362&nbsp; 35.323&nbsp; 24.108&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; C2'&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.856&nbsp; 35.044&nbsp; 23.903&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; N1 &nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.753&nbsp; 36.193&nbsp; 24.040&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; C8&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.484&nbsp; 37.562&nbsp; 24.004&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; N7&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.551&nbsp; 38.308&nbsp; 24.156&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; C4&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.589&nbsp; 37.359&nbsp; 24.268&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; C6&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.989&nbsp; 37.514&nbsp; 24.448&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; O6&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.648&nbsp; 38.553&nbsp; 24.534&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; N9&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.645&nbsp; 36.287&nbsp; 24.525&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; C2&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.048&nbsp; 35.045&nbsp; 24.439&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; N3&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.848&nbsp; 33.965&nbsp; 24.540&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; N5&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.753&nbsp; 34.884&nbsp; 24.262&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; C5&nbsp; DG5 X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.095&nbsp; 36.074&nbsp; 24.193&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; P&nbsp; &nbsp; DT&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.650&nbsp; 32.528&nbsp; 24.445&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21 O1P DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.016&nbsp; 31.284&nbsp; 23.943&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22 O2P DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.806&nbsp; 33.610&nbsp; 25.015&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; O5' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.743&nbsp; 32.102&nbsp; 25.531&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; C3' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.653&nbsp; 31.088&nbsp; 25.184&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; C2' DT&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.813&nbsp; 31.114&nbsp; 26.126&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; O3' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.429&nbsp; 32.408&nbsp; 26.092&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; C5' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.420&nbsp; 30.906&nbsp; 27.570&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; O4' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.818&nbsp; 29.609&nbsp; 27.955&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; C4' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.171&nbsp; 31.996&nbsp; 28.340&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; C1' DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.115&nbsp; 32.536&nbsp; 27.293&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; N3&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.425&nbsp; 33.937&nbsp; 27.428&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; C2&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.741&nbsp; 34.313&nbsp; 27.581&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; O2&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.667&nbsp; 33.515&nbsp; 27.649&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

              ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; N1&nbsp; DT &nbsp; X&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.932&nbsp; 35.671&nbsp; 27.666&nbsp;

              0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; <b><br>

                <br>

                <br>

                But my job is failing, as shown below:<br>

                <br>

                <br>

              </b>[ganguly@localhost anik]$ pdb2gmx -f dna-A.pdb -o

              dna-B.pdb -p topol.top<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>

              <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GROtesk MACabre and Sinister<br>

              <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.5&nbsp; (-:<br>

              <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman

              J.C. Berendsen,<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, P&Atilde;&curren;r Bjelkmar, Rudi van Drunen,

              Anton Feenstra, <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter

              Meulenhoff, <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk,

              Roland Schulz, <br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter

              Tieleman,<br>

              <br>

...................................................................................<br>

...................................................................................<br>

...................................................................................<br>

              <br>

              Opening force field file

              /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/dna.arn<br>

              Opening force field file

              /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/amber03.ff/rna.arn<br>

              Checking for duplicate atoms....<br>

              Now there are 657 atoms. Deleted 7 duplicates.<br>

              <br>

              -------------------------------------------------------<br>

              Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>

              Source code file: pgutil.c, line: 91<br>

              <br>

              Fatal error:<br>

              Atom N3 is used in an interaction of type atom in the

              topology<br>

              database, but an atom of that name was not found in

              residue<br>

              number 31

            </span></font></span></div>

    </blockquote>

    <br>

    pdb2gmx can only match atom and residue names it finds in the

    topology database (.rtp). Your input structure lacks a (correctly

    named) N3 atom in residue 31, which I think pdb2gmx looked for when

    building hydrogen atoms.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>