
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 1/02/2012 6:04 PM, Anushree Tripathi wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzraTi7DEY52gWVLdtxyWq6Fw_1bnL5s1s6aQibCqbWDw@mail.gmail.com"

      type="cite">When I run the command (i.e., make_ndx -f em.gro -o

      index.ndx) ,it is showing the following options:<br>

      &nbsp;0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 18379 atoms<br>

      &nbsp; 1 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11739 atoms<br>

      &nbsp; 2 Protein-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9135 atoms<br>

      &nbsp; 3 C-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 1173 atoms<br>

      &nbsp; 4 Backbone&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3519 atoms<br>

      &nbsp; 5 MainChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4693 atoms<br>

      &nbsp; 6 MainChain+Cb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5773 atoms<br>

      &nbsp; 7 MainChain+H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5842 atoms<br>

      &nbsp; 8 SideChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 5897 atoms<br>

      &nbsp; 9 SideChain-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4442 atoms<br>

      &nbsp;10 Prot-Masses&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11739 atoms<br>

      &nbsp;11 non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6640 atoms<br>

      &nbsp;12 Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6636 atoms<br>

      &nbsp;13 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6636 atoms<br>

      &nbsp;14 non-Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 11743 atoms<br>

      &nbsp;15 Ion&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 atoms<br>

      &nbsp;16 CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 atoms<br>

      &nbsp;17 Water_and_ions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6640 atoms<br>

    </blockquote>

    <br>

    So your system has 18K atoms, with 11K protein and the rest solvent

    and ions. As Justin suggested, this coordinate file does not have

    DPPC in it.<br>

    <br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzraTi7DEY52gWVLdtxyWq6Fw_1bnL5s1s6aQibCqbWDw@mail.gmail.com"

      type="cite">for my work, I used 16|13 then 1|11.lastly I saved it

      using 'q'.But there is no option for DPPC (as given in tutorial we

      have to merge protein with DPPC).After runing the command (grompp

      -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr),it is

      showing error:<br>

      <br>

      Group DPPC not found in indexfile.<br>

      Maybe you have non-default goups in your mdp file, while not using

      the '-n' option of grompp.<br>

      In that case use the '-n' option.<br>

      <br>

      To troubleshoot the error,I have kept one more group in index.ndx

      file with number of atoms which I found from dppc.itp file(at the

      end of file) like this<br>

      <br>

      [DPPC]<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;

      14&nbsp;&nbsp; 15<br>

      16&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;

      29&nbsp;&nbsp; 30<br>

      31&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;

      44&nbsp;&nbsp; 45<br>

      46&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp; 50<br>

    </blockquote>

    <br>

    These numbers have to reference the atom numbers in the coordinate

    file, not the [moleculetype]. Since you've done the latter, you get

    the problem with T-coupling groups. But go back and use a coordinate

    file that actually has DPPC in it.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAAx43BzraTi7DEY52gWVLdtxyWq6Fw_1bnL5s1s6aQibCqbWDw@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      Again after running the grompp command (grompp -f nvt.mdp -c

      em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr),I am getting the

      following error:<br>

      <br>

      Atom 1 in multiple T-Coupling groups (1 and 2).<br>

      <br>

      Please suggest me the reason as well as solution for this problem.<br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>