Anyone can help? Please...<br><br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Feb 2, 2012 at 1:51 PM, Steven Neumann <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:s.neumann08@gmail.com">s.neumann08@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">
<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>My system consists of Protein attached to the surface (water solution)</div>
<div>I am trying to calculate equilibrium distance - dependent (from my surface) distributions of residues (e.g. polar) in my system collected in the mass fraction. So in this case I am interested in only one coordinate (X) which perpendicular to my surface. I assume to use just last 5-10 ns (out of 100ns) as an equilibrium.</div>

<div> </div>
<div>Is there any way to use g_rdf for this purpose? </div>
<div> </div>
<div>Or shall I use g_dist, calculate distances of each residue (e.g. from polar residues) for last 5-10 ns, take X coordinate, average it over time and multiply by its mass?</div>
<div> </div>
<div>Do you have any suggestions?</div>
<div> </div>
<div>Thank you,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div></blockquote></div><br>