Please suggest me the exact way to include dppc coordinates in topol.top file.<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 1, 2012 at 5:06 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 1/02/2012 6:25 PM, Anushree Tripathi wrote:
    <blockquote type="cite">But in coordinate file(.pdb file) ,I am not getting
      the atoms which belongs to DPPC.</blockquote>
    <br></div>
    You cannot do anything unless you have a coordinate file that
    includes DPPC coordinates. I don&#39;t know how to express this any more
    clearly.<div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">only I have included the name of dppc.itp file like
      this:<br>
      ;Include DPPC chain topology<br>
      #include &quot;dppc.itp&quot;<br>
      <br>
      That&#39;s why I have found the atoms wich belongs to DPPC molecule
      from dppc.itp file itself.<br>
    </blockquote>
    <br></div>
    These numbers are not useful, as I have already explained.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Wed, Feb 1, 2012 at 12:40 PM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
            <div> On 1/02/2012 6:04 PM, Anushree Tripathi
              wrote:
              <blockquote type="cite">When I run the command (i.e.,
                make_ndx -f em.gro -o index.ndx) ,it is showing the
                following options:<br>
                 0 System              : 18379 atoms<br>
                  1 Protein             : 11739 atoms<br>
                  2 Protein-H           :  9135 atoms<br>
                  3 C-alpha             :  1173 atoms<br>
                  4 Backbone            :  3519 atoms<br>
                  5 MainChain           :  4693 atoms<br>
                  6 MainChain+Cb        :  5773 atoms<br>
                  7 MainChain+H         :  5842 atoms<br>
                  8 SideChain           :  5897 atoms<br>
                  9 SideChain-H         :  4442 atoms<br>
                 10 Prot-Masses         : 11739 atoms<br>
                 11 non-Protein         :  6640 atoms<br>
                 12 Water               :  6636 atoms<br>
                 13 SOL                 :  6636 atoms<br>
                 14 non-Water           : 11743 atoms<br>
                 15 Ion                 :     4 atoms<br>
                 16 CL                  :     4 atoms<br>
                 17 Water_and_ions      :  6640 atoms<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            So your system has 18K atoms, with 11K protein and the rest
            solvent and ions. As Justin suggested, this coordinate file
            does not have DPPC in it.
            <div><br>
              <br>
              <br>
              <blockquote type="cite">for my work, I used 16|13 then
                1|11.lastly I saved it using &#39;q&#39;.But there is no option
                for DPPC (as given in tutorial we have to merge protein
                with DPPC).After runing the command (grompp -f nvt.mdp
                -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr),it is
                showing error:<br>
                <br>
                Group DPPC not found in indexfile.<br>
                Maybe you have non-default goups in your mdp file, while
                not using the &#39;-n&#39; option of grompp.<br>
                In that case use the &#39;-n&#39; option.<br>
                <br>
                To troubleshoot the error,I have kept one more group in
                index.ndx file with number of atoms which I found from
                dppc.itp file(at the end of file) like this<br>
                <br>
                [DPPC]<br>
                1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11  
                12   13   14   15<br>
                16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26  
                27   28   29   30<br>
                31   32   33   34   35   36   37   38   39   40   41  
                42   43   44   45<br>
                46   47   48   49   50<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            These numbers have to reference the atom numbers in the
            coordinate file, not the [moleculetype]. Since you&#39;ve done
            the latter, you get the problem with T-coupling groups. But
            go back and use a coordinate file that actually has DPPC in
            it.<span><font color="#888888"><br>
                <br>
                Mark</font></span>
            <div><br>
              <br>
              <blockquote type="cite"><br>
                Again after running the grompp command (grompp -f
                nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o
                nvt.tpr),I am getting the following error:<br>
                <br>
                Atom 1 in multiple T-Coupling groups (1 and 2).<br>
                <br>
                Please suggest me the reason as well as solution for
                this problem.<br>
                <br>
                <fieldset></fieldset>
                <br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
          </div>
          <br>
          --<br>
          gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>