Dear Gromacs Users!<br><br><br>I want to perform in vacuum simulation for the simple peptid parametrised by Amber 99SB and Gromos <font size="3"><font face="Arial">43.1 force fields.<br><br><br>As I understoon the primary foal of in vacum simulation in the turn of all charges in the residues wich are not exposed to the solvent.<br>
<br><br>From topology file ( done by Amber) I&#39;ve found such example for the Gly residue as well for charged Glu<br><br>; residue 404 GLY rtp GLY  q  0.0<br>  6365          N    404    GLY      N   6365    -0.4157      14.01   ; qtot -1.848<br>
  6366          H    404    GLY      H   6366     0.2719      1.008   ; qtot -1.576<br>  6367         CT    404    GLY     CA   6367    -0.0252      12.01   ; qtot -1.601<br>  6368         H1    404    GLY    HA1   6368     0.0698      1.008   ; qtot -1.531<br>
  6369         H1    404    GLY    HA2   6369     0.0698      1.008   ; qtot -1.461<br>  6370          C    404    GLY      C   6370     0.5973      12.01   ; qtot -0.8642<br>  6371          O    404    GLY      O   6371    -0.5679         16   ; qtot -1.432<br>
<br>; residue  28 GLU rtp GLU  q -1.0<br>   354          N     28    GLU      N    354    -0.5163      14.01   ; qtot -2.516<br>   355          H     28    GLU      H    355     0.2936      1.008   ; qtot -2.223<br>   356         CT     28    GLU     CA    356     0.0397      12.01   ; qtot -2.183<br>
   357         H1     28    GLU     HA    357     0.1105      1.008   ; qtot -2.073<br>   358         CT     28    GLU     CB    358      0.056      12.01   ; qtot -2.017<br>   359         HC     28    GLU    HB1    359    -0.0173      1.008   ; qtot -2.034<br>
   360         HC     28    GLU    HB2    360    -0.0173      1.008   ; qtot -2.051<br>   361         CT     28    GLU     CG    361     0.0136      12.01   ; qtot -2.038<br>   362         HC     28    GLU    HG1    362    -0.0425      1.008   ; qtot -2.08<br>
   363         HC     28    GLU    HG2    363    -0.0425      1.008   ; qtot -2.123<br>   364          C     28    GLU     CD    364     0.8054      12.01   ; qtot -1.317<br>   365         O2     28    GLU    OE1    365    -0.8188         16   ; qtot -2.136<br>
   366         O2     28    GLU    OE2    366    -0.8188         16   ; qtot -2.955<br>   367          C     28    GLU      C    367     0.5366      12.01   ; qtot -2.418<br>   368          O     28    GLU      O    368    -0.5819         16   ; qtot -3<br>
<br>My qustions:<br><br>1- What is difference between charge value and charge B </font></font><font size="3"><font face="Arial">qtot value ?</font></font><br><br><font size="3"><font face="Arial">2- Must I  turn off absolutely all charges even in the non-polar residues e.g edit<br>
-0.3662 value  to the 0.0000 for all atoms in Gly for instance. ? What another edition should I do for the elimination of the charges ?<br><br>3- I&#39;ve found that GROMOS force field is not good choise for the vacum simulation because of non condensive phase of that system but in some works authors use this ff for in vacum system. What should I do for the adaptation of that ff for my system?<br>
<br><br>Thanks<br><br>James<br></font></font>