Peter, <br><br>1- Yes I&#39;ve also found that the umbrella simulation is exactly that I need. Now I&#39;m studing this tutorial more carefully.<br><br><br>2- In other words my second question was: in what exactly situations ( e.g some kind of point mutation) the unbiassed MD may be enought to detect unstability of the system (one of that examples you&#39;ve already mentioned with the Lys Arg substitutions in TM region ) and in what cases the biassed MD (e.g the PMF) may be needed?<br>
<br><br>James<br><br>