<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Another possible reason is due to vmd, which numbers the residue from 0. Residue 143 in gromacs corresponds to residue 142 in vmd.</span></div><div><span>Cheers,<br></span></div><div><span>Jianguo<br></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Du Jiangfeng (BIOCH) &lt;j.du@maastrichtuniversity.nl&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Friday, 3 February 2012, 1:16<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b>
 [gmx-users] Orders of the residues in gromacs<br> </font> </div> <br><br>Dear Friends,<br><br>I want to measure some data of a special residue, for instance TRP143, from my MD result. But i encountered a problem. <br><br>The residue number 143 is ordered in .gro file, while it seems the residue orders is random in gromacs. It points to another residue when I specify residue number 143 in VMD or when I am using make_ndx program ( --&gt; r 143; q). Apparently, gromacs numbering system is not based on the orders in the .gro structure file. <br><br>Does anybody know how to link the gromacs order to the structure file's order correctly? <br><br>Thank you in advance,<br><br>Jiangfeng.<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; Jiangfeng Du, PhD Student<br>&nbsp; &nbsp; Cardiovascular Research Institute Maastricht<br>&nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>&nbsp; &nbsp; P.O. Box 616<br>&nbsp; &nbsp; Mobile: +31-681741859<br>&nbsp; &nbsp; FAX: +31-43-3884159<br>&nbsp;
 &nbsp; 6200 MD Maastricht<br>&nbsp; &nbsp; The Netherlands--<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>