<br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 4, 2012 at 8:27 AM, Banafsheh Mehrazma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bmehrazma@gmail.com">bmehrazma@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Dear Justin;<br>
I specified the terminal residues in the *.mdp file, just like what in<br>
my force field has (DNA.rtp) mentioned. I wonder if we should some<br>
thing else with it? I mean, when I viewed my molecule with VMD, after<br>
a 5 ns simulation, my terminal residues were not in front of each<br>
other, they are slanted inward the helix.<br>
I don&#39;t know, whether it is right or not!<br>
<br>
Best regards<br>
B.Mehrazma<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br></div></div></blockquote><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Which force field you are using? If terminal base pair is A-T then it would not much stable during the simulation while C-G would be more stable. Base pair parameters could fluctuate during simulations.</div>

<div class="gmail_quote"><br></div><br clear="all">With Regards,<br>Rajendra Kumar<br>Max-Planck-Institut fuer biophysikalische Chemie<br>Dep. of Theoretical and computational Biophysics,<br>Am Fassberg 11, 37077 Goettingen, Germany<br>

Tel.:  +49 551 201 2304<br>Website: <a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/index.html" target="_blank">http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/index.html</a><br><div> </div></div>