<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 4/02/2012 12:34 AM, Chrisostomos Batistakis wrote:
    <blockquote
cite="mid:CANUMDh_qW4gDMdZB86HSpsva0e2vZH6jyn76qj3stBSffQ1UPQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear all<br>
      <br>
      I would like to calculate the total density vs time in my system
      during an NPT simulation. I read the manual that I have to use the
      g_energy command in order to do that. My problem is&nbsp; that&nbsp; when I
      am running:<br>
      <b><i><br>
          g_energy -f&nbsp; </i><i>a.edr </i></b><b><i>-s </i><i>b.tpr </i></b><b><i>-o
        </i><i>c.xvg</i></b><br>
      <br>
      it gives me only these options:<br>
      <br>
      <i>Select the terms you want from the following list by<br>
        selecting either (part of) the name or the number or a
        combination.<br>
        End your selection with an empty line or a zero.<br>
-------------------------------------------------------------------<br>
        &nbsp; 1&nbsp; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Position-Rest.&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;
        Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp; 5&nbsp; Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; Conserved-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;
        Temperature&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp; 9&nbsp; Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Constr.-rmsd&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;
        Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;13&nbsp; Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;
        Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;17&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;
        Pres-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;21&nbsp; Pres-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; Pres-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; Pres-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;
        Pres-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;25&nbsp; Pres-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; Pres-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; Pres-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;
        Pres-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;29&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;
        Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
        &nbsp;33&nbsp; T-System&nbsp; </i><br>
      <br>
      <br>
      Can anybody help me? <br>
    </blockquote>
    <br>
    That's from an NVT simulation.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>