<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 4/02/2012 1:10 AM, Chrisostomos Batistakis wrote:

    <blockquote

cite="mid:CANUMDh8Xn33M_ZkkuFagiBUxDJ66iySVtOZyc7hXoJvJqBZh3w@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Fri, Feb 3, 2012 at 2:38 PM, Mark

        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0

          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

            <div>

              <div class="h5"> On 4/02/2012 12:34 AM, Chrisostomos

                Batistakis wrote:

                <blockquote type="cite">Dear all<br>

                  <br>

                  I would like to calculate the total density vs time in

                  my system during an NPT simulation. I read the manual

                  that I have to use the g_energy command in order to do

                  that. My problem is&nbsp; that&nbsp; when I am running:<br>

                  <b><i><br>

                      g_energy -f&nbsp; </i><i>a.edr </i></b><b><i>-s </i><i>b.tpr

                    </i></b><b><i>-o </i><i>c.xvg</i></b><br>

                  <br>

                  it gives me only these options:<br>

                  <br>

                  <i>Select the terms you want from the following list

                    by<br>

                    selecting either (part of) the name or the number or

                    a combination.<br>

                    End your selection with an empty line or a zero.<br>

-------------------------------------------------------------------<br>

                    &nbsp; 1&nbsp; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;

                    Position-Rest.&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp; 5&nbsp; Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;

                    Conserved-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; Temperature&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp; 9&nbsp; Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Constr.-rmsd&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;

                    Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;13&nbsp; Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;

                    Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;17&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;

                    Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; Pres-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;21&nbsp; Pres-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; Pres-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;

                    Pres-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; Pres-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;25&nbsp; Pres-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; Pres-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;

                    Pres-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; Pres-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;29&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;

                    Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

                    &nbsp;33&nbsp; T-System&nbsp; </i><br>

                  <br>

                  <br>

                  Can anybody help me? <br>

                </blockquote>

                <br>

              </div>

            </div>

            That's from an NVT simulation.<span class="HOEnZb"><font

                color="#888888"><br>

                <br>

                Mark<br>

              </font></span></div>

          <br>

          <br>

        </blockquote>

        <div><br>

          Oh, sorry, I didn't imagine that it gives different options

          when doing NVT or NPT.&nbsp; <br>

          I really apologise :-)<br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    No problem :) mdrun only writes relevant information, which can be

    valuable if you're producing terabytes of data from a a simulation!

    So no box size when it is constant :)<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>