
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear Prof.</div><div><br></div><div>I computed the total radius gyration and the radius of gyration in x, y and z directions that all of them are into one file named gyrate.xvg. Then I want to calculate error estimate for all of them separately. I do as: <br></div><div>g_analyze -f gyrate.xvg -ee error.xvg</div><div>and is printed on terminal following context:<br></div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 1.972797e+00&nbsp;&nbsp; 2.187285e-02&nbsp;&nbsp; 7.059432e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.416&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.279<br>SS2&nbsp;&nbsp; 1.601256e+00&nbsp;&nbsp; 7.870806e-02&nbsp;&nbsp; 2.540292e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.018&nbsp;&nbsp; -0.152<br>SS3&nbsp;&nbsp; 1.614145e+00&nbsp;&nbsp; 7.842650e-02&nbsp;&nbsp;

 2.531204e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.067&nbsp;&nbsp; -0.161<br>SS4&nbsp;&nbsp; 1.611412e+00&nbsp;&nbsp; 7.958559e-02&nbsp;&nbsp; 2.568614e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.072&nbsp;&nbsp; -0.177<br><br></div><div>Set&nbsp;&nbsp; 1:&nbsp; err.est. 0.000596502&nbsp; a 0.29217&nbsp; tau1 24.8856&nbsp; tau2 443.641<br>Warning: tau2 is longer than the length of the data (864000)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the statistics might be bad<br>invalid fit:&nbsp; e.e. 0.285911&nbsp; a 0.995985&nbsp; tau1 1434.16&nbsp; tau2 1.41932e+09<br>Will fix tau2 at the total time: 864000<br>Set&nbsp;&nbsp; 2:&nbsp; err.est. 0.00859257&nbsp; a 0.995692&nbsp; tau1 1432.7&nbsp; tau2 864000<br>Set&nbsp;&nbsp; 3:&nbsp; err.est. 0.00527967&nbsp; a 0.588024&nbsp; tau1 804.83&nbsp; tau2 3603.55<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. 0.00421461&nbsp; a 1.08722&nbsp; tau1 1672.3&nbsp; tau2 6955.25<br>Will fix tau2 at the total

 time: 864000<br>a fitted parameter is negative<br>invalid fit:&nbsp; e.e. -nan&nbsp; a 1.00449&nbsp; tau1 1455.53&nbsp; tau2 864000<br>Will use a single exponential fit for set 4<br>Set&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp; err.est. 0.00453113&nbsp; a 1&nbsp; tau1 1400.34&nbsp; tau2 0<br></div><div><br></div><div>SS1,SS2,SS3 and SS4 are Rg, Rgx, Rgy and Rgz respectively, but I don't know about its remainder. <br></div><div>May I ask you to help me, Please?<br></div><div>The error.xvg file has three columns, and has been written in the first lines of this file:</div><div>@ legend string 0 "av 1.972797"<br>@ legend string 1 "ee 0.000596502"<br></div><div>I averaged from this file as:</div><div>g_analyze -f error.xvg -av</div><div>and result

 was:</div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp;&nbsp; relative deviation of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>set&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp; a Gaussian

 distribition<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>SS1&nbsp;&nbsp; 4.442130e-04&nbsp;&nbsp; 1.512862e-04&nbsp;&nbsp; 1.435945e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.412&nbsp;&nbsp; -0.211<br>SS2&nbsp;&nbsp; 4.605313e-04&nbsp;&nbsp; 1.542594e-04&nbsp;&nbsp; 1.464166e-05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.566&nbsp;&nbsp; -0.191<br><br></div><div>What is this? How can I find error estimate for all of radius of gyration, separately?</div><div> Please help me.</div><div><br></div><div>Best

 Regards</div><div>Dina<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></body></html>