<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 7/02/2012 2:26 AM, Qinghua Liao wrote:
    <blockquote
cite="mid:CA+y1NrveDWVXLStHbmiU6FrG9Pngu4j7Y_TrfBM-iJS-4rnndQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">Dear GMX users,
        <div><br>
        </div>
        <div>We are trying to do a simulation of a protein attached to a
          small molecules, how should I do to setup the system? For the
          parameters of the small molecule, I got it from ATB sever,
          however I don't know how to bond the small molecule and the N
          terminal of protein.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    The general solution is to use <a
      href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/specbond.dat">http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/specbond.dat</a>
    to allow pdb2gmx to learn about the bond to the new molecule. As you
    will see in your [bonds] section, you have no bond to your new
    residue.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CA+y1NrveDWVXLStHbmiU6FrG9Pngu4j7Y_TrfBM-iJS-4rnndQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>For gro file, it is ok, but for the topology file, I tried
          to merge the parameters of small molecule and the topology
          file together, and then renumber the atom number, and the
          grompp worked. But when I wanted to do the geometry
          optimization, it did not work. Here is the error:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>&nbsp;&nbsp;<br clear="all">
          <div>
            <div>Fatal error:</div>
            <div>There is no domain decomposition for 4 nodes that is
              compatible with the given box and a minimum cell size of
              3.52902 nm</div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/errors#There_is_no_domain_decomposition_for_n_nodes_that_is_compatible_with_the_given_box_and_a_minimum_cell_size_of_x_nm">http://www.gromacs.org/Documentation/errors#There_is_no_domain_decomposition_for_n_nodes_that_is_compatible_with_the_given_box_and_a_minimum_cell_size_of_x_nm</a><br>
    <br>
    You have set up your "small" molecule with only three charge groups.
    mdrun functions as a large number of loops over interactions between
    and within charge groups. The size of your large charge groups
    creates a large lower bound on the number of atoms that have to be
    present on each processor of a parallel simulation, and your number
    of molecules is unsuitable for this. You need to investigate how to
    generate charge groups that are both smaller and consistent with the
    force field.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CA+y1NrveDWVXLStHbmiU6FrG9Pngu4j7Y_TrfBM-iJS-4rnndQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>
          <div><br>
          </div>
          <div>
            I guess it is still a problem of the setup of the system,
            the attachments are the gro and top files for the system. So
            could someone give me some suggestions? Thanks very much!</div>
          <span><font color="#888888">
              <div>
                <br>
              </div>
              <div><br>
              </div>
            </font></span></div>
      </div>
      <br clear="all">
      <div><br>
      </div>
      -- <br>
      Best Regards,
      <div><br>
      </div>
      <div>Qinghua</div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>