Hi all,<br>I&#39;m sorry for the dumb question but I need to put harmonic restraints on my peptide and I cannot find the right command. So, looking on the how tos link in the gromacs website I understand that I need to add to my topology file a posre.itp file with the section [ distance_restraints ] specified with type 6. However I cannot find the command to generate this .itp . On the contrary, for positions restraints there is the genpr command that does it, so I&#39;m looking for the equivalent for the distance restrains. Can anyone help? Btw, I&#39;m using GROMACS 3.3.1,<br>
Thanks<br>Francesca<br>