Dear Gromacs users,<br><br>This is my second email since I tried the previous advises and did NOT work. <br><br>I want to use the Gromacs analysis tools for 
analyzing Namd output files (*.dcd files) I installed Gromacs 4.5.4 (64 bits)
 and it works well. In addition I installed VMD 1.9 (64 bits) and set up 
VMD_PLUGIN_PATH=/home/vmd-1.9/plugins/LINUXAMD64/molfile/   (Here it is located the  dcdplugin.so ) <br><div id=":1al">
<br>I verified that VMD_PLUGIN_PATH is pointing out to the right folder. However when I run for example  <br><br><b>g_rmsf_d -f file.dcd  -s file.pdb </b> <br><br>I got the following error<br><br><b>The file format of file.dcd is not a known trajectory format to GROMACS. Please make sure that the file is a trajectory!<br>
<br>GROMACS will now assume it to be a trajectory and will try to open it using the VMD plug-ins.</b>
<b><br>This will only work in case the VMD plugins are found and it is a trajectory format supported by VMD.<br><br>No plugin for dcd found</b><br>
<br><br>Can anyone tell me if Gromacs really works with the VMD pulgin? <br><br>I will highly appreciate to know it so I can start looking for another alternatives.<br><br>Thanks so much<br><br><div class="yj6qo ajU"><div id=":1bd" class="ajR" tabindex="0">
<img class="ajT" src="images/cleardot.gif"></div></div></div><br clear="all"><br>-- <br>Cheers,    <br>      <br>Paul<br><br><br>