<br clear="all">Dear Gromacs users,<br><br>I have a MD simulated protein and i take frame from this and remove water and add water implicit in the interface and want to do energy minimization but while doing the minimization i get errors. The steps followed are-<br>
<br>pdb2gmx -ignh -f 1OC0.pdb -o 1oco.pdb -p 1oco.top -nocmap<br>grompp -f minim.mdp -c 1oco.pdb -p 1oco.top -o 1oco.tpr<br><br>The minim.mdp file =<br><br>; Lines starting with &#39;;&#39; ARE COMMENTS<br>; Everything following &#39;;&#39; is also comment<br>
<br>title        = Energy Minimization    ; Title of run<br><br>; The following line tell the program the standard locations where to find certain files<br>cpp        = /lib/cpp    ; Preprocessor<br><br>; Define can be used to control processes<br>
define          = -DFLEXIBLE<br><br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator    = steep        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol        = 1000.0    ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>
nsteps        = 5000        ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>nstenergy    = 1        ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>energygrps    = System    ; Which energy group(s) to write to disk<br>
<br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>ns_type        = simple      ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>coulombtype    = cut-off      ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>
rcoulomb    = 1.0        ; long range electrostatic cut-off<br>rvdw        = 1.0        ; long range Van der Waals cut-off<br>constraints    = none        ; Bond types to replace by constraints<br>pbc        = no        ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br>
<br>I get a note as =<br>System has non-zero total charge: -4.999996e+00<br><br>then i tried using genion step as=<br><br>genion -s 1oco.tpr -o 1oco.pdb -pname NA -np 5 -p 1oco.top -g ion.log<br><br>then again the grompp step and mdrun .<br>
but while doing mdrun i get an error as=<br><br>Stepsize too small, or no change in energy.<br>Converged to machine precision,<br>but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<br><br><br>but here i have given nsteps as 5000 so why does it stop.<br>
-- <br>Aiswarya  B Pawar<br><br><div>Project Assistant,<br>Bioinformatics Dept, <br>Indian Institute of Science<br>Bangalore<br><br></div><br>