<html><head></head><body bgcolor="#FFFFFF"><div><div><div><br></div></div></div><div>Op 10 feb 2012 om 22:55 heeft Abhijeet Joshi &lt;<a href="mailto:abhijoshi129@gmail.com">abhijoshi129@gmail.com</a>&gt; het volgende geschreven:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>Hi , <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am also working on similar systems. Can you tell me where and what LJ parameters you specified for halides<br></div></blockquote><div><br></div>You need the anharmonic term for polarisation. It is implemented in the development version of 4.6. No manual entry yet. Even with this term F- is difficult to get stable.<br><blockquote type="cite"><div>Thanks in advance,<br>Abhijeet<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 12, 2011 at 8:56 AM, zhongjin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhongjin1000@yahoo.com.cn">zhongjin1000@yahoo.com.cn</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font:inherit" valign="top"><div><font style="BACKGROUND-COLOR:#cce8cf">Dear GMX users,</font></div>


<div><font style="BACKGROUND-COLOR:#cce8cf">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am using GMX4.5.4 to simulate SWM4-NDP polarizable water model, it is OK. But when I use the ions polarizable model which is in conjuction with SWM4-NDP model, the <b>RMS force is very large:</b></font></div>


<div>step 16: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 7.950<br>step 17: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 61.192<br>step 18: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 177.091<br>step 19: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 371.756<br>

step 20: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 624.178<br>step 21: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 849.728<br>step 22: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 891.695<br>step 23: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 830.527<br>

step 24: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 803.412<br>step 25: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 882.106<br>step 26: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1031.051<br>step 27: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1339.648<br>

step 28: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1727.688<br>step 29: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1750.876<br>step 30:
 EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1445.519<br>step 31: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 32: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1210.740<br>step 33: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 526.515<br>

step 34: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 35: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 36: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 37: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 38: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 39: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.031<br>step 40: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 41: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 42: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 43: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 44: EM did not converge in 20
 iterations, RMS force 0.032<br>step 45: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 46: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 47: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 48: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 49: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 50: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 51: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 52: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 53: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 54: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 55: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 56: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 57: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 58: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 59: EM
 did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 60: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 61: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 62: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 63: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 2.835<br>step 64: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 120.556<br>step 65: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 346.147<br>step 66: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 634.393<br>

step 67: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 904.684<br>step 68: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1133.427<br>step 69: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 735.408<br>step 70: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 948.153<br>

step 71: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 967.569<br>step 72: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 630.741<br>step 73: EM did not converge in 20
 iterations, RMS force 1035.501<br>step 74: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 698.937<br>step 75: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1179.575<br>step 76: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 765.233<br>

step 77: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 939.995<br>step 78: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 131.329<br>step 79: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 51.797<br>step 80: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 405.775<br>

step 81: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 161.922<br>step 82: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 565.036<br>step 83: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1014.157<br>step 84: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 1136.628<br>

step 85: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 86: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 307.819<br>step 87: EM did not converge in 20 iterations,
 RMS force 0.032<br>step 88: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 52.057<br>step 89: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 90: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 91: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 92: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 251.725<br>step 93: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 94: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 95: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 96: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 97: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 98: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 99: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 100: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 101: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 102: EM did
 not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 103: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 104: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.034<br>step 105: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 106: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 107: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 108: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 109: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 110: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 111: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 112: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 113: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 114: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 115: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 116: EM did not converge in 20
 iterations, RMS force 0.032<br>step 117: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 118: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 119: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>

step 120: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 121: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 122: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 123: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>

step 124: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.031<br>step 125: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 126: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 127: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.031<br>

step 128: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 129: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.031<br>step 130: EM did not converge in 20 iterations, RMS force
 0.032<br>step 131: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.033<br>step 132: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>step 133: EM did not converge in 20 iterations, RMS force 0.032<br>......</div>


<div>&nbsp;</div>
<div>the swm4-ndp model :</div>
<div>; <br>; Topology file for SSWM4-NDP<br>;<br>; Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D.<br>; A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomolecules. <br>; Chem. Phys. Lett. 2006, 418 (1-3), 245-249.<br>

;<br>; Possible defines that you can put in your topol.top:<br>; -FLEXIBLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Flexible model <br>; -DPOSRES_WATER&nbsp; Position restrain oxygen atoms<br>;</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;nrexcl<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;2</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp; at type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; res nr&nbsp; res name&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; OW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.71636&nbsp;&nbsp; 15.99940<br>&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; HW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.55733&nbsp;&nbsp; 1.00800<br>

&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.55733&nbsp;&nbsp; 1.00800<br>&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; MW_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.11466&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; OD_swm4ndp&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.71636&nbsp;&nbsp; 0.00000</div>
<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;alpha (nm^3)<br>1&nbsp;5&nbsp;1 &nbsp;0.00097825&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </div>
<div>#ifndef FLEXIBLE</div>
<div>[ settles ]<br>; i&nbsp;funct&nbsp;doh&nbsp;dhh<br>1&nbsp;1&nbsp;0.09572&nbsp;0.15139</div>
<div>#else</div>
<div>[ bonds ]<br>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; length&nbsp; force.c.<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572 502416.0 <br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572 502416.0 <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>[ angles ]<br>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; k&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; angle&nbsp;&nbsp; force.c.<br>

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104.52&nbsp; 628.02&nbsp; </div>
<div>#endif</div>
<div><br>[ dummies3 ]<br>; The position of the dummies is computed as follows:<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;O<br>;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;D<br>;&nbsp;&nbsp; <br>;&nbsp;H&nbsp;&nbsp;H<br>;<br>; 2 * b = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) &nbsp;* distance (OH) ]<br>;&nbsp;&nbsp; 0.024034 nm&nbsp;/ [ cos (104.52 / 2 deg) * 0.09572 nm&nbsp;]<br>

; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-X1)<br>;<br>; Dummy from&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;a&nbsp;&nbsp;b<br>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0.205109464&nbsp;0.205109464</div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;4&nbsp;5<br>2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;4&nbsp;5<br>3&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;4&nbsp;5<br>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;5<br>5&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;4</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>the ion parameters in conjuction with it:</div>
<div>; Topology file for Polarizable Alkali and Halide Ions in conjuction with SWM4-NDP water model<br>;&nbsp; <br>; Yu, H. B.; Whitfield, T. W.; Harder, E.; Lamoureux, G.; Vorobyov, I.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D.; Roux, B.<br>

; Simulating Monovalent and Divalent Ions in Aqueous Solution Using a Drude Polarizable Force Field<br>; J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (3), 774-786.</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.319199 <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.319199 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.001786 </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.457187<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CLs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.457187</div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.003969</div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>BR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.980713 <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BRs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.980713 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.005262 </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>I&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ic&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.733085 <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.733085 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.007439 </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>LI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.310427 <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LIs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.310427 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000032&nbsp; </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.687597&nbsp; <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.687597 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000157 </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.580968 <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ks&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ks&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ks&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.580968 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00083</div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>RB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBc&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.031161&nbsp; <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RBs&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.031161 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00137 </div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>CS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</div>
<div>[ atoms ]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name cg nr&nbsp;&nbsp; charge<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.665877&nbsp;&nbsp; <br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CSs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.665877 </div>


<div>[ polarization ]<br>; See notes above.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; alpha (nm^3)<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00236</div>
<div>[ exclusions ]<br>; iatom excluded from interaction with i<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br></div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Anybody could give me some helps ?</div>
<div>Thanks in advance!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>ZHONGJIN HE</div></td></tr></tbody></table><br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div>&nbsp;Abhijeet Joshi
<br>&nbsp;Research Assistant
<br>&nbsp;Molecular Thermodynamics and Statistical Mechanics Research Group
<br>&nbsp;University of Wisconsin-Madison
<br>&nbsp;<a href="http://www.engr.wisc.edu/groups/mtsm/index.shtml" target="_blank">http://www.engr.wisc.edu/groups/mtsm/index.shtml</a>
<br>&nbsp;<a href="mailto:aajoshi2@wisc.edu" target="_blank">aajoshi2@wisc.edu</a>
<br>&nbsp;608-320-9215
<br></div><div>&nbsp;</div></div><br>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>-- </span><br><span>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></span><br><span><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br><span>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the </span><br><span>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</span><br><span>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span></div></blockquote></body></html>