Ok now I have tryied to restart it all and the problem seems to be that the system has some overlapping. In fact, no matter what I freeze, water, CA or nothing, I get this error message<br><br> VERSION 3.3.1                              <br>
                                                                        <br>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>             of the License, or (at your option) any later version.<br>        If you want to redistribute modifications, please consider that<br>
        scientific software is very special. Version control is crucial-<br>         bugs must be traceable. We will be happy to consider code for<br>       inclusion in the official distribution, but derived work must not<br>
     be called official GROMACS. Details are found in the README &amp; COPYING<br>                                     files.<br><br>                                :-)  gaia30  (-:<br><br>Option     Filename  Type         Description<br>
------------------------------------------------------------<br>  -s        EM3.tpr  Input        Generic run input: tpr tpb tpa xml<br>  -o        EM3.trr  Output       Full precision trajectory: trr trj<br>  -x        EM3.xtc  Output, Opt! Compressed trajectory (portable xdr format)<br>
  -c        EM3.gro  Output       Generic structure: gro g96 pdb xml<br>  -e        EM3.edr  Output       Generic energy: edr ene<br>  -g        EM3.log  Output       Log file<br>-dgdl       EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>
-field      EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-table      EM3.xvg  Input, Opt.  xvgr/xmgr file<br>-tablep     EM3.xvg  Input, Opt.  xvgr/xmgr file<br>-rerun      EM3.trr  Input, Opt.  Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>
-tpi        EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br> -ei        EM3.edi  Input, Opt.  ED sampling input<br> -eo        EM3.edo  Output, Opt. ED sampling output<br>  -j        EM3.gct  Input, Opt.  General coupling stuff<br>
 -jo        EM3.gct  Output, Opt. General coupling stuff<br>-ffout      EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-devout     EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-runav      EM3.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file<br> -pi        EM3.ppa  Input, Opt.  Pull parameters<br>
 -po        EM3.ppa  Output, Opt. Pull parameters<br> -pd        EM3.pdo  Output, Opt. Pull data output<br> -pn        EM3.ndx  Input, Opt.  Index file<br>-mtx        EM3.mtx  Output, Opt. Hessian matrix<br> -dn        EM3.ndx  Output, Opt. Index file<br>
-coarse     ION.gro  Input        Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br><br>      Option   Type  Value  Description<br>------------------------------------------------------<br>      -[no]h   bool     no  Print help info and quit<br>
       -nice    int     19  Set the nicelevel<br>     -deffnm string    EM3  Set the default filename for all file options<br>   -[no]xvgr   bool    yes  Add specific codes (legends etc.) in the output<br>                            xvg files for the xmgrace program<br>
         -np    int      1  Number of nodes, must be the same as used for<br>                            grompp<br>         -nt    int      1  Number of threads to start on each node<br>      -[no]v   bool    yes  Be loud and noisy<br>
-[no]compact   bool    yes  Write a compact log file<br>-[no]sepdvdl   bool     no  Write separate V and dVdl terms for each<br>                            interaction type and node to the log file(s)<br>  -[no]multi   bool     no  Do multiple simulations in parallel (only with<br>
                            -np &gt; 1)<br>     -replex    int      0  Attempt replica exchange every # steps<br>     -reseed    int     -1  Seed for replica exchange, -1 is generate a seed<br>   -[no]glas   bool     no  Do glass simulation with special long range<br>
                            corrections<br> -[no]ionize   bool     no  Do a simulation including the effect of an X-Ray<br>                            bombardment on your system<br><br><br>Back Off! I just backed up EM3.log to ./#EM3.log.2#<br>
Getting Loaded...<br>Reading file EM3.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)<br>Loaded with Money<br><br><br>Back Off! I just backed up EM3.edr to ./#EM3.edr.2#<br>Steepest Descents:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+01<br>
   Number of steps    =          200<br>-------------------------------------------------------        inf, atom= 15321<br>Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>Source code file: nsgrid.c, line: 226<br><br>Range checking error:<br>
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>errors that give particles very high velocities you might end up with some<br>
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>
energy seems reasonable before trying again.<br><br>Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 42875 ]<br>Please report this to the mailing list (<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>)<br>
-------------------------------------------------------<br><br>&quot;With a Lead Filled Snowshoe&quot; (F. Zappa)<br><br>Halting program mdrun<br><br>gcq#159: &quot;With a Lead Filled Snowshoe&quot; (F. Zappa)<br><br>--------------------------------------------------------------------------<br>
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD <br>with errorcode -1.<br><br>NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>You may or may not see output from other processes, depending on<br>
exactly when Open MPI kills them.<br><br><br>So... How ca I overcome the issue of overlapping atoms?<br>Thanks<br>Fra<br><br><div class="gmail_quote">2012/2/10 francesca vitalini <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:francesca.vitalini11@gmail.com">francesca.vitalini11@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">In fact in the reverse transformation I&#39;m feeding the CG structure information. <br>Once I look through VMD to the FG structure I notice that the backbones are not in planes so definitely I need to run some minimization there. In the tutorial they were using simulating annealing, but I don&#39;t think I need more than energy minimization for that.<br>

What do you think?<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><br><br><br><div class="gmail_quote">2012/2/10 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div><div>
    On 11/02/2012 12:41 AM, francesca vitalini wrote:
    <blockquote type="cite">In order to overcome the problem I tried to fix
      everything except the backbone (solvent, sidechain and CA, as I
      want the structure to be maintained). However, if I do then I have
      problems with the energy minimization as the force on the 15300 is
      infinite.<br>
      <br>
      Getting Loaded...<br>
      Reading file EM1-1.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)<br>
      Loaded with Money<br>
      <br>
      Steepest Descents:<br>
         Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+01<br>
         Number of steps    =         2000<br>
      -------------------------------------------------------       
      inf, atom= 15300<br>
      Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>
      Source code file: nsgrid.c, line: 226<br>
      <br>
      Range checking error:<br>
      Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to
      a grid<br>
      based on its coordinates. If your system contains collisions or
      parameter<br>
      errors that give particles very high velocities you might end up
      with some<br>
      coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we
      cannot<br>
      put these on a grid, so this is usually where we detect those
      errors.<br>
      Make sure your system is properly energy-minimized and that the
      potential<br>
      energy seems reasonable before trying again.<br>
      <br>
      Variable ci has value -<a href="tel:2147483648" value="+12147483648" target="_blank">2147483648</a>. It should have been within [ 0
      .. 27744 ]<br>
      Please report this to the mailing list (<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>)<br>
      -------------------------------------------------------<br>
      <br>
      &quot;Oh My God ! It&#39;s the Funky Shit&quot; (Beastie Boys)<br>
      <br>
      Halting program mdrun<br>
      <br>
      You suggested to check if there is any overlapping.</blockquote>
    <br></div></div>
    ... so you need to get out some visualization software and look at
    the transformed structure :)<div><br>
    <br>
    <blockquote type="cite"> There might be as my structure is obtained through a
      reverse transformation from a CG representation. In the mapping
      the atoms are positioned randomly in the bead. Now I&#39;m running
      some energy minimization to equilibrate those atoms. I had to
      solvate the system after the mapping (couldn&#39;t do it before due to
      problems with ions)but I haven&#39;t equilibrated it yet and I&#39;m
      keeping it fixed which could also be a source of overlapping. <br>
    </blockquote>
    <br></div>
    Local minimization with EM cannot in general take a &quot;random&quot;
    positioning of the generated atoms and make it one that will be
    stable under MD. Some structure knowledge needs to be build into the
    reverse transformation.<span><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span><div><div><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      Any ideas?<br>
      Thanks.<br>
      Francesca<br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">2012/2/10 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div><br>
            <br>
            francesca vitalini wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              I achieve<br>
              <br>
              Steepest Descents converged to machine precision in 205
              steps,<br>
              but did not reach the requested Fmax &lt; 10.<br>
              Potential Energy  = -1.49131940478719e+07<br>
              Maximum force     =  1.09664530279637e+06 on atom 1520  
               (parto of the protein)<br>
              Norm of force     =  2.28369808518165e+06<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          The magnitude of the force suggests atomic overlap somewhere.
           Start by investigating the environment around atom 1520.
          <div><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              and the system looked with vmd doesn&#39;t look as if it was
              exploding. However, I have warnings about the table
              extension and I don&#39;t know why but gromacs writes pdb
              files sometime. However I thought that there <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          The &quot;step.pdb&quot; files are written when mdrun is about to crash.
          <div><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              might have been an error in the way I defined the position
              restraints, in fact in the mdp file I hade define =
              -DEPOSRE while in the topology I had ifdef DEFINE_WAT, so
              it might have moved it all without fixing the water. So I
              tried again and this time I got<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          The &quot;define&quot; statements are literal, so be careful of typos.
           -DEPOSRE will not work when the topology calls for -DPOSRES.
           So unless you&#39;ve changed default naming for &quot;define&quot;
          statements, you&#39;re not going to get what you expect.
          <div>
            <br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Steepest Descents converged to machine precision in 72
              steps,<br>
              but did not reach the requested Fmax &lt; 10.<br>
              Potential Energy  = -2.0135496e+07<br>
              Maximum force     =  2.0486184e+12 on atom 4479<br>
              Norm of force     =  7.2424045e+13<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Again, symptomatic of severe atomic overlap.
          <div><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              but again the same issue with table extent and still the
              production of pdb files.<br>
              <br>
              Any explanations?<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Investigate the starting configurations near the problematic
          atoms.<br>
          <br>
          <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up#Diagnosing_an_Unstable_System" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up#Diagnosing_an_Unstable_System</a><span><font color="#888888"><br>


              <br>
              -Justin</font></span>
          <div>
            <div><br>
              <br>
              -- <br>
              ========================================<br>
              <br>
              Justin A. Lemkul<br>
              Ph.D. Candidate<br>
              ICTAS Doctoral Scholar<br>
              MILES-IGERT Trainee<br>
              Department of Biochemistry<br>
              Virginia Tech<br>
              Blacksburg, VA<br>
              jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
              <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
              <br>
              ========================================<br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Francesca Vitalini<br>
      <br>
      PhD student at Computational Molecular Biology Group, <br>
      Department of Mathematics and Informatics, FU-Berlin<br>
      Arnimallee 6 14195 Berlin<br>
      <br>
      <a href="mailto:vitalini@zedat.fu-berlin.de" target="_blank">vitalini@zedat.fu-berlin.de</a><br>
      <a href="mailto:francesca.vitalini@fu-berlin.de" target="_blank">francesca.vitalini@fu-berlin.de</a><br>
      <br>
      <a href="tel:%2B49%203083875776" value="+493083875776" target="_blank">+49 3083875776</a><br>
      <a href="tel:%2B49%203083875412" value="+493083875412" target="_blank">+49 3083875412</a><br>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Francesca Vitalini<br><br>

PhD student at Computational Molecular Biology Group, <br>Department of Mathematics and Informatics, FU-Berlin<br>Arnimallee 6 14195 Berlin<br><br><a href="mailto:vitalini@zedat.fu-berlin.de" target="_blank">vitalini@zedat.fu-berlin.de</a><br>

<a href="mailto:francesca.vitalini@fu-berlin.de" target="_blank">francesca.vitalini@fu-berlin.de</a><br><br><a href="tel:%2B49%203083875776" value="+493083875776" target="_blank">+49 3083875776</a><br><a href="tel:%2B49%203083875412" value="+493083875412" target="_blank">+49 3083875412</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Francesca Vitalini<br><br>PhD student at Computational Molecular Biology Group, <br>Department of Mathematics and Informatics, FU-Berlin<br>Arnimallee 6 14195 Berlin<br>
<br><a href="mailto:vitalini@zedat.fu-berlin.de" target="_blank">vitalini@zedat.fu-berlin.de</a><br><a href="mailto:francesca.vitalini@fu-berlin.de" target="_blank">francesca.vitalini@fu-berlin.de</a><br><br>+49 3083875776<br>
+49 3083875412<br><br>