<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 12/02/2012 9:22 AM, Tom wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAARYzz4amp9koz-RYqmNNG9Ra19yf3u8U8kmK2EaTL0RCijWRA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>Dear Mark and Gromacs Users,</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Can you be more specific in explanation&nbsp;about improper
        dihedral of charmm in gromacs?</div>
      <div>For opls aa, it is very clear that every item of improper
        dihedral angle is described once</div>
      <div>on the *rtp file.</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>I&nbsp;am quite confused about the one in the charmm.</div>
      <div>Ihe same angle is sometimes&nbsp;described twice despite of the
        difference in the atoms' sequence.</div>
    </blockquote>
    <br>
    Like I said last time, different sequence of the same four atoms
    means an interaction on a different angle. See manual 4.2.11 and
    figure referenced there.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAARYzz4amp9koz-RYqmNNG9Ra19yf3u8U8kmK2EaTL0RCijWRA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Suposed for&nbsp;an unkown&nbsp;molecule, how to&nbsp;assign them on&nbsp;rtp
        file?</div>
    </blockquote>
    <br>
    Working by analogy with those of functional groups in existing .rtp
    definitions would be a good start. Find a similar moiety, write out
    the connectivity and improper definitions and see what is being
    done.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAARYzz4amp9koz-RYqmNNG9Ra19yf3u8U8kmK2EaTL0RCijWRA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Can you give some introduction or show somewhere that has the
        document?</div>
      <div>Gromacs menu does not document&nbsp;about this.</div>
    </blockquote>
    <br>
    What documentation exists is probably in either the original
    CHARMM27 force field files (download from web) or the papers that
    described the development (references in GROMACS manual). OPLS/AA
    apparently works differently, for some reason.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAARYzz4amp9koz-RYqmNNG9Ra19yf3u8U8kmK2EaTL0RCijWRA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Thanks for advance!</div>
      <div>&nbsp;</div>
      <div>Tom&nbsp;<br>
      </div>
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px
          0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote"><br>
          Message: 1<br>
          Date: Sat, 11 Feb 2012 11:15:04 +1100<br>
          From: Mark Abraham &lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
          Subject: Re: [gmx-users] improper dihedral angle in charmm and
          opls aa<br>
          To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
          Message-ID: &lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:4F35B308.3080504@anu.edu.au">4F35B308.3080504@anu.edu.au</a>&gt;<br>
          Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
          <br>
          On 11/02/2012 9:54 AM, Tom wrote:<br>
          &gt; Dear Gromacs Users<br>
          &gt; I am confused about definition of improper dihedral angle
          in charmm27,<br>
          &gt; which is compared to oplsaa.<br>
          &gt; Why charmm ff in gromacs give *double* items for the same
          dihedral angle.<br>
          &gt; e.g. &nbsp;for charmm27 ASN<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;OD1<br>
          &gt; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp; &nbsp; OD1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;HD21 &nbsp; &nbsp;HD22<br>
          &gt; ND2 &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;HD22 &nbsp; &nbsp;HD21<br>
          <br>
          These are not duplicates. Atom ordering is significant. These
          *improper*<br>
          dihedral angles are enforcing planarity of the amide moiety.
          This is<br>
          done by influencing dihedral angles along intra-atom vectors
          where there<br>
          is no bond. OPLS/AA is working differently somehow.<br>
          <br>
          Mark<br>
          <br>
          &gt; in opls aa for ASN<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; dih_ASN_chi1_C_C_C_CO<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;CG &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; dih_ASN_chi2_C_C_CO_N<br>
          &gt; Thanks for advance!<br>
          &gt; Tom<br>
          &gt; PS:<br>
          &gt; the detail is as follows<br>
          &gt; ------------------------------------------------<br>
          &gt; *in charmm27.ff/aminoacids.rtp*<br>
          &gt; [ ASN ]<br>
          &gt; &nbsp;[ atoms ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; NH1 &nbsp; &nbsp; -0.47 &nbsp; 0<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HN &nbsp; &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.31 &nbsp; &nbsp;1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT1 &nbsp; &nbsp; 0.07 &nbsp; &nbsp;2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;HB &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09 &nbsp; &nbsp;3<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT2 &nbsp; &nbsp; -0.18 &nbsp; 4<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HB1 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09 &nbsp; &nbsp;5<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HB2 &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.09 &nbsp; &nbsp;6<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;CC &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.55 &nbsp; &nbsp;7<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OD1 &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.55 &nbsp; 8<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; NH2 &nbsp; &nbsp; -0.62 &nbsp; 9<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HD21 &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.32 &nbsp; &nbsp;10<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HD22 &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.30 &nbsp; &nbsp;11<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.51 &nbsp; &nbsp;12<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.51 &nbsp; 13<br>
          &gt; &nbsp;[ bonds ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;CA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; CG<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; HN<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; +N<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;HA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;HB1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;HB2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; HD21<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; HD22<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; O<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;OD1<br>
          &gt; &nbsp;[ impropers ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp; &nbsp; -C &nbsp; &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;HN<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;+N &nbsp; &nbsp; &nbsp;O<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;OD1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp; &nbsp; OD1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;HD21 &nbsp; &nbsp;HD22<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;HD22 &nbsp; &nbsp;HD21<br>
          &gt; &nbsp;[ cmap ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -C &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; +N<br>
          &gt; -------------------------------------------<br>
          &gt; in*oplsaa.ff/aminoacids.rtp*<br>
          &gt; [ ASN ]<br>
          &gt; &nbsp;[ atoms ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;opls_238 &nbsp; -0.500 &nbsp; &nbsp; 0<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp;opls_241 &nbsp; &nbsp;0.300 &nbsp; &nbsp; 0<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;opls_224B &nbsp; 0.140 &nbsp; &nbsp; 1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp;opls_136 &nbsp; -0.120 &nbsp; &nbsp; 2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;HB1 &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;HB2 &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp;opls_235 &nbsp; &nbsp;0.500 &nbsp; &nbsp; 3<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;OD1 &nbsp; &nbsp;opls_236 &nbsp; -0.500 &nbsp; &nbsp; 3<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp; &nbsp;opls_237 &nbsp; -0.760 &nbsp; &nbsp; 4<br>
          &gt; &nbsp; HD21 &nbsp; &nbsp;opls_240 &nbsp; &nbsp;0.380 &nbsp; &nbsp; 4<br>
          &gt; &nbsp; HD22 &nbsp; &nbsp;opls_240 &nbsp; &nbsp;0.380 &nbsp; &nbsp; 4<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;opls_235 &nbsp; &nbsp;0.500 &nbsp; &nbsp; 5<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;opls_236 &nbsp; -0.500 &nbsp; &nbsp; 5<br>
          &gt; &nbsp;[ bonds ]<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; H<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;CA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;HA<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;CB<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; C<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; HB1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; HB2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp;CG<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; OD1<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; ND2<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp;HD21<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp;ND2 &nbsp;HD22<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; O<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; -C &nbsp; &nbsp; N<br>
          &gt; &nbsp;[ dihedrals ] ; override some with residue-specific ones<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;CG &nbsp; &nbsp; dih_ASN_chi1_N_C_C_C<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; dih_ASN_chi1_C_C_C_CO<br>
          &gt; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;CG &nbsp; ND2 &nbsp; &nbsp; dih_ASN_chi2_C_C_CO_N<br>
          &gt;<br>
          &gt;<br>
          <br>
          -------------- next part --------------<br>
          An HTML attachment was scrubbed...<br>
          URL: <a moz-do-not-send="true"
href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120211/a4d6d18e/attachment-0001.html"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120211/a4d6d18e/attachment-0001.html</a><br>
          <br>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>