Dear Gmx Users,<br><br>I run a simulation of a protein and 10 ligands. They all stacked on the protein surface. I extracted the coordinates of the somplex and I am doing Umbrella Sampling - I am trying to pull one of the ligand from my protein. My questions:<br>
Would you suggest restarining positions of the protein (and 9 other ligands?) when pulling my ligand?<br>Would you restrained positions of the protein when running simulations in each window?<br>How do you adjust the pulling constant force? Is there any rule or you just change it and observe?<br>
<br>Thank you,<br><br>Steven <br>