Dear Gmx Users,<br><br>I am facing problem while installing gromacs 4.0.7 on the rocks cluster<br><br>1. command:<br>./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse --enable-mpi <br>we got the following error:<br>
<br>checking for cc... cc<br>checking for C compiler default output file name... a.out<br>checking whether the C compiler works... yes<br>checking whether we are cross compiling... no<br>checking for suffix of executables... <br>
checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether cc accepts -g... yes<br>checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>checking for style of include used by make... GNU<br>
checking dependency style of cc... gcc3<br>checking dependency style of cc... gcc3<br>checking for mpxlc... no<br>checking for mpicc... no<br>checking for mpcc... no<br>checking for hcc... no<br>checking whether the MPI cc command works... configure: error: Cannot compile and link MPI code with cc<br>
<br>2. command<br>./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse --enable-mpi --program-suffix=_mpi MPICC=&quot;/usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx&quot;<br><br>we got the following error:<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>
checking whether cc accepts -g... yes<br>checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>checking for style of include used by make... GNU<br>checking dependency style of cc... gcc3<br>checking dependency style of cc... gcc3<br>
checking for mpxlc... /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx<br>checking whether the MPI cc command works... yes<br>checking for catamount... no<br>checking for pthreads... yes<br>checking how to run the C preprocessor... /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx -E<br>
checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts -O3... yes<br>checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts -funroll-all-loops... yes<br>checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts  -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops... yes<br>
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for ANSI C header files... no<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>
checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking whether byte ordering is bigendian... no<br>
checking for int... yes<br>checking size of int... configure: error: cannot compute sizeof (int)<br>See `config.log&#39; for more details.<br>  <br>though the installation completes without the --enable mpi <br>the gcc compiler version used is 4.1.2.<br>
<br>i will be grateful if  someone can help us out on how to resolve this issue.<br><br>thanking you,<br><br>Parul Tewatia<br><br>