<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Dear Justin</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">I am doing umbrella pulling simulation of a protein complex wt and mutant. I expect mutant to give lower deltG value. I am attaching a tif file of energy vs time curve of wt and mutant protein on pulling simulation. These energies are obtained by g_energy and selecting 11 option which is COM pulling energy. In this curve the first peak decreases and again rises at longer time. How many windows should be selected. As expected the peak of COM pulling energy is lower in mutants. Please explain why the energy again rises at higher time. Should I use the windows upto 160ps only because thereafter in both curve there is rise in energy value. the pull code used is as follows.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><div style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_geometry   = distance </font></div>
<div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_dim        = Y     N  Y</font></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_vec1       = 0.75 0  1</font></div>
<div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_start      = yes      </font></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_ngroups    = 1</font></div>
<div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_group0     = Chain_B </font></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_group1     = Chain_A </font></div>
<div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_rate1      = 0.01      </font></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><font face="arial, sans-serif">pull_k1         = 1000     </font></div>
</div>