<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 13/02/2012 12:15 PM, xiaojiong wrote:

    <blockquote

      cite="mid:KXAZKOCHJDFKVGYVDDGGNWLGWCRG.xiaojiong@zju.edu.cn"

      type="cite"><font size="5">Dear:<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;

        If&nbsp;I&nbsp;have&nbsp;used&nbsp;the&nbsp;charmm-gui&nbsp;to&nbsp;build&nbsp;the&nbsp;bilayer&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;receptor-ligand&nbsp;complex,can&nbsp;I&nbsp;&nbsp;load&nbsp;the&nbsp;outcome&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;gromacs&nbsp;to&nbsp;perform&nbsp;MD?Is&nbsp;the&nbsp;process&nbsp;complicated?

        How do it? Thanks! </font><br>

    </blockquote>

    <br>

    You can probably write a .pdb coordinate file from any tool and read

    it with any GROMACS tool. Constructing your topology will be harder,

    and for grompp you will need the atom and residue naming to match

    that of your coordinate file.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>