<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 13/02/2012 9:56 PM, Parul tew wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAK1jnZLdoHDmH75As2W0oSTy1rjXuEGemBWy3eR0XeF0jyfsew@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Gmx Users,<br>
      <br>
      I am facing problem while installing gromacs 4.0.7 on the rocks
      cluster<br>
      <br>
      1. command:<br>
      ./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse
      --enable-mpi <br>
    </blockquote>
    <br>
    If you were using an up-to-date version of GROMACS (and it is likely
    that you should do so), then you would not be able to compile with
    threads and with MPI. However this GROMACS version silently ignores
    the request for threads, because it wasn't implemented back then.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAK1jnZLdoHDmH75As2W0oSTy1rjXuEGemBWy3eR0XeF0jyfsew@mail.gmail.com"
      type="cite">we got the following error:<br>
      <br>
      checking for cc... cc<br>
      checking for C compiler default output file name... a.out<br>
      checking whether the C compiler works... yes<br>
      checking whether we are cross compiling... no<br>
      checking for suffix of executables... <br>
      checking for suffix of object files... o<br>
      checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>
      checking whether cc accepts -g... yes<br>
      checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>
      checking for style of include used by make... GNU<br>
      checking dependency style of cc... gcc3<br>
      checking dependency style of cc... gcc3<br>
      checking for mpxlc... no<br>
      checking for mpicc... no<br>
      checking for mpcc... no<br>
      checking for hcc... no<br>
      checking whether the MPI cc command works... configure: error:
      Cannot compile and link MPI code with cc<br>
      <br>
      2. command<br>
      ./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse
      --enable-mpi --program-suffix=_mpi
      MPICC="/usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx"<br>
    </blockquote>
    <br>
    mpicxx is intended to be a C++ compiler. This may or may not work
    correctly as a C compiler.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAK1jnZLdoHDmH75As2W0oSTy1rjXuEGemBWy3eR0XeF0jyfsew@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      we got the following error:<br>
      checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>
      checking whether cc accepts -g... yes<br>
      checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>
      checking for style of include used by make... GNU<br>
      checking dependency style of cc... gcc3<br>
      checking dependency style of cc... gcc3<br>
      checking for mpxlc... /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx<br>
      checking whether the MPI cc command works... yes<br>
      checking for catamount... no<br>
      checking for pthreads... yes<br>
      checking how to run the C preprocessor...
      /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx -E<br>
      checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts
      -O3... yes<br>
      checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts
      -funroll-all-loops... yes<br>
      checking whether /usr/mpi/gcc/mvapich-1.2.0/bin/mpicxx accepts&nbsp;
      -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused
      -funroll-all-loops... yes<br>
      checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>
      checking for egrep... /bin/grep -E<br>
      checking for ANSI C header files... no<br>
      checking for sys/types.h... yes<br>
      checking for sys/stat.h... yes<br>
      checking for stdlib.h... yes<br>
      checking for string.h... yes<br>
      checking for memory.h... yes<br>
      checking for strings.h... yes<br>
      checking for inttypes.h... yes<br>
      checking for stdint.h... yes<br>
      checking for unistd.h... yes<br>
      checking whether byte ordering is bigendian... no<br>
      checking for int... yes<br>
      checking size of int... configure: error: cannot compute sizeof
      (int)<br>
      See `config.log' for more details.<br>
      &nbsp; <br>
      though the installation completes without the --enable mpi <br>
      the gcc compiler version used is 4.1.2.<br>
    </blockquote>
    <br>
    Something is wrong with the setup of your MPI compiler - perhaps
    what I suggested above. You should verify that these work before
    attempting to troubleshoot GROMACS installation further.<br>
    <br>
    See
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Prerequisites">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Prerequisites</a>
    where you are advised not to use this version of GCC.<br>
    <br>
    I don't know for sure, but this version of MVAPICH could be too old
    to be useful.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAK1jnZLdoHDmH75As2W0oSTy1rjXuEGemBWy3eR0XeF0jyfsew@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      i will be grateful if&nbsp; someone can help us out on how to resolve
      this issue.<br>
      <br>
      thanking you,<br>
      <br>
      Parul Tewatia<br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>