
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi Gmxers,</div><div><br></div><div>Happy Valentine's Day! <br></div><div>Sorry, I am still simulating a protein that has water channel.</div><div>I was just wondering if there is a way to calculate the water density in the channel throughout my trajectory.</div><div>I was lucky enough to run a NPT simulation. So I guess I can use g_energy to directly get density.</div><div>But since the number of the channel water is quite dynamic, I do not think I can separate energy group for them in my mdp.</div><div>Could someone help me with this?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Yao<br></div></div></body></html>