Dear Gromacs users,<br>     <br>                               I am planing  to use buckingham potential for the non-bonded interactions  of my system. I know that by changing the nbfunc to 2 in [ defaults ] directive of topology will allow to use the Buckingham potential , But I don&#39;t know how to specify the  A, B,C values in the ffnonbonded.itp file.<br>
 what values should I specify in the  [ atomtypes ]  directive . As i know  only A,B,C values for the pairs of atoms  so i have tried by  specifying  A,B,C values both in  [ atomtypes ] and  [ pairtypes ] as  <br><br>[ atomtypes ]<br>
;name   at.num     mass          charge    ptype        A                      B                      C <br>CC32A      6       12.01100        0.1030    A       132277.5784    33.05785124    0.002710395<br>HCA2       1       1.00800         0.0355      A       29962.4608     41.58004158    0.000212547<br>
OC30A      8       15.999400      -0.3480   A       243922.5976    40.2414486921  0.000803746<br>[ pairtypes ]<br>; i               j       func       A                         B                        C<br>OC30A   OC30A   2       243922.5976    40.2414486921  0.000803746<br>
OC30A   CC32A   2       179625.8144    36.297640653   0.001476115<br>OC30A   HCA2    2       85489.9984     40.899795501   0.000413379<br>CC32A   CC32A   2       132277.5784    33.05785124    0.002710395<br>CC32A   HCA2    2       62955.3928     36.832412523   0.000759396<br>
HCA2    HCA2    2       29962.4608     41.58004158    0.000212547<br>;########### I have given the A(in KJ/mol), B(in nm^-1), C(in Kj/mol*nm^6)<br>;D = A, B = 1/P, C = E<br><br>   <br>Doing so , grompp is showing the following errors  <br>
   <br>   ERROR 5 [file ffnonbondedpeo.itp, line 13]:<br>  Too many parameters or not enough parameters for topology B<br><br><br>ERROR 6 [file ffnonbondedpeo.itp, line 14]:<br>  Too many parameters or not enough parameters for topology B<br>
<br>Generated 6 of the 6 non-bonded parameter combinations<br>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;polymer&#39;<br><br>ERROR 7 [file topol.top, line 1652]:<br>  ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or<br>
  longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or<br>  decrease rlist.<br>------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.5<br>Source code file: grompp.c, line: 1372<br>
<br>Fatal error:<br>There were 7 errors in input file<br>-------------------------------------------------------<br><br><br>Any help will be highly appreciated.<br><br><br>Regards,<br>Ramesh Cheerla<br>