<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>You can look at gromacs tool g_flux and g_count at: <br></span></div><div><span></span>https://github.com/orbeckst/g_count</div><div><br></div><div>Jianguo<br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Yao Yao &lt;yao0o@ymail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wednesday, 15 February 2012, 10:38<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] water channel<br> </font> </div> <br><div id="yiv1711509626"><div><div
 style="color:#000;background-color:#fff;font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"><div>Hi Gmxers,</div><div><br></div><div>Happy Valentine's Day! <br></div><div>Sorry, I am still simulating a protein that has water channel.</div><div>I was just wondering if there is a way to calculate the water density in the channel throughout my trajectory.</div><div>I was lucky enough to run a NPT simulation. So I guess I can use g_energy to directly get density.</div><div>But since the number of the channel water is quite dynamic, I do not think I can separate energy group for them in my mdp.</div><div>Could someone help me with this?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Yao<br></div></div></div></div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>