<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 15/02/2012 5:42 PM, ramesh cheerla wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAPNFZqdeLP=D58cS5cCaZE2heK9=g05e_7MO5M-YLcjiqQN4dg@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Gromacs users,<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am planing&nbsp; to use buckingham
      potential for the non-bonded interactions&nbsp; of my system. I know
      that by changing the nbfunc to 2 in [ defaults ] directive of
      topology will allow to use the Buckingham potential , But I don't
      know how to specify the&nbsp; A, B,C values in the ffnonbonded.itp
      file.<br>
    </blockquote>
    <br>
    With [ nonbond_params], not [atomtypes] or [pairtypes]. See table
    5.4 of section 5.7.1 of manual.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAPNFZqdeLP=D58cS5cCaZE2heK9=g05e_7MO5M-YLcjiqQN4dg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      &nbsp;what values should I specify in the&nbsp; [ atomtypes ]&nbsp; directive .
      As i know&nbsp; only A,B,C values for the pairs of atoms&nbsp; so i have
      tried by&nbsp; specifying&nbsp; A,B,C values both in&nbsp; [ atomtypes ] and&nbsp; [
      pairtypes ] as&nbsp; <br>
      <br>
      [ atomtypes ]<br>
      ;name&nbsp;&nbsp; at.num&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C <br>
      CC32A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1030&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      132277.5784&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.05785124&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002710395<br>
      HCA2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0355&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      29962.4608&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.58004158&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000212547<br>
      OC30A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.999400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.3480&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 243922.5976&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      40.2414486921&nbsp; 0.000803746<br>
      [ pairtypes ]<br>
      ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; func&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; A&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>
      OC30A&nbsp;&nbsp; OC30A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 243922.5976&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.2414486921&nbsp; 0.000803746<br>
      OC30A&nbsp;&nbsp; CC32A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 179625.8144&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.297640653&nbsp;&nbsp; 0.001476115<br>
      OC30A&nbsp;&nbsp; HCA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85489.9984&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.899795501&nbsp;&nbsp; 0.000413379<br>
      CC32A&nbsp;&nbsp; CC32A&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 132277.5784&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.05785124&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002710395<br>
      CC32A&nbsp;&nbsp; HCA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62955.3928&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.832412523&nbsp;&nbsp; 0.000759396<br>
      HCA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; HCA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29962.4608&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.58004158&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000212547<br>
      ;########### I have given the A(in KJ/mol), B(in nm^-1), C(in
      Kj/mol*nm^6)<br>
      ;D = A, B = 1/P, C = E<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp; <br>
      Doing so , grompp is showing the following errors&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp; <br>
      &nbsp;&nbsp; ERROR 5 [file ffnonbondedpeo.itp, line 13]:<br>
      &nbsp; Too many parameters or not enough parameters for topology B<br>
      <br>
      <br>
      ERROR 6 [file ffnonbondedpeo.itp, line 14]:<br>
      &nbsp; Too many parameters or not enough parameters for topology B<br>
      <br>
      Generated 6 of the 6 non-bonded parameter combinations<br>
      Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'polymer'<br>
      <br>
      ERROR 7 [file topol.top, line 1652]:<br>
      &nbsp; ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box
      vector or<br>
      &nbsp; longer than the smallest box diagonal element. Increase the box
      size or<br>
      &nbsp; decrease rlist.<br>
      ------------------------------------------------------<br>
      Program grompp, VERSION 4.5.5<br>
      Source code file: grompp.c, line: 1372<br>
      <br>
      Fatal error:<br>
      There were 7 errors in input file<br>
      -------------------------------------------------------<br>
      <br>
      <br>
      Any help will be highly appreciated.<br>
      <br>
      <br>
      Regards,<br>
      Ramesh Cheerla<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>