<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hello Tsjerk,</div><div><br></div><div>Thanks for your reply!</div><div><br></div><div>I have take into account PBC for this system. In this case what procedure do I have to add it in the making of the membrane?</div><div>Is the best way to do it with one POPC residue and then multiplying into a bilayer with genconf or to download a&nbsp; "membrane.pdb" and edit its size?</div><div>Don't know if its relevant here, but I intend to use Charmm27.</div><div><br></div><div>Thanks again,</div><div><br></div><div>Ricardo.<br></div><div><br><span></span></div><div><span></span></div><div>&nbsp;</div><div><font size="1"><i></i></font><font size="1"><i></i></font><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 14pt;"><style><!--filtered {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}filtered
 {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal        {margin-top:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:10.0pt;margin-left:0cm;line-height:115%;font-size:11.0pt;font-family:"sans-serif";}a:link, span.MsoHyperlink        {color:blue;text-decoration:underline;}a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed        {color:purple;text-decoration:underline;}.MsoChpDefault        {}.MsoPapDefault        {margin-bottom:10.0pt;line-height:115%;}filtered {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}div.Section1        {}--></style><style><!--filtered {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}filtered {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal        {margin-top:0cm;margin-right:0cm;margin-bottom:10.0pt;margin-left:0cm;line-height:115%;font-size:11.0pt;font-family:"sans-serif";}.MsoChpDefault        {}.MsoPapDefault        {margin-bottom:10.0pt;line-height:115%;}filtered {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}div.Section1
        {}--></style><div class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 8pt;" lang="PT-BR"><br></span></div></div></div><div><br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;">  <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight: bold;">De:</span></b> Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> Ricardo O. S. Soares &lt;ross_usp@yahoo.com.br&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Quinta-feira, 16 de Fevereiro de 2012 15:08<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [gmx-users] how to
 create a proper box size for a membrane?<br> </font> </div> <br>Hi Ricardo,<br><br>If you've generated your membrane without taking PBC into account,<br>then I'd say measuring the extent and setting the box manually<br>(editconf -box) is the best option you have.<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br>On Thu, Feb 16, 2012 at 5:44 PM, Ricardo O. S. Soares<br>&lt;<a ymailto="mailto:ross_usp@yahoo.com.br" href="mailto:ross_usp@yahoo.com.br">ross_usp@yahoo.com.br</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hello dear users,<br>&gt;<br>&gt; I'm familiar with solvated protein simulations for quite a while now.<br>&gt; Recently I'm beginning to study some membrane systems.<br>&gt; I have created a POPC membrane and now I need to make a proper box. Using<br>&gt; editconf, the box is always larger than the membrane's x and y&nbsp; coordinates,<br>&gt; even controlling the -d option.<br>&gt; I could measure the membrane and set the box values manually, but that<br>&gt; doesn't seem to
 me to be a safe approach.<br>&gt; I read Justin Lemkul's tutorial on membranes, and I see that there were<br>&gt; already a box in the downloaded file, so I couldn't figure something out<br>&gt; from there yet.<br>&gt;<br>&gt; Thanks<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ---<br>&gt;<br>&gt; Ricardo O. S. Soares , PhD Student.<br>&gt; Group of Biological Physics - Department of Physics &amp; Chemistry<br>&gt; Faculty of Pharmaceutical Sciences at Ribeirão Preto - University of São<br>&gt; Paulo.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br><br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br><br><br> </div> </div> </blockquote></div>   </div></body></html>