By the way I also wounder to know how I could keep my system after equilibration.<br><br><br>E.g I&#39;ve equilibrated CCl4+water system and obtain stabile system on desired timescale.<br><br>Than I&#39;ve used genbox to merge my pre-oriented peptide with the pre-equilibrated system.<br>
<br><font face="Arial"><font size="3"><pre>genbox -cp peptide_newbox.gro -cs CCl4_water_box.gro -o peptide_in_box.gro</pre></font></font><br><br>As the consequence I&#39;ve obtained system with peptide inserted in CCl4 but without water layer.<br>
<br>Is there any way to preserve water layer during Genbox peptide insertion?<br><br><br>James<br>