Dear Mark<div><br></div><div>Thanks for your reply</div><div><br></div><div>You said &quot;These should function the same&quot;, are results of parm 99 and amber 99 the same?</div><div>Please explain more about (but you should check yourself that each cites the same literature).</div>
<div><br></div><div>One more thing, I want to transfer Force Constant Kθ (kcal/ mol rad2) and Equilibrium Bond Angle θeq (º) from PARM99 TO AMBER99, however there are no such factors in ffbonded.itp in ffamber99, I looked through chapter 4, but didn&#39;t get any clue of what I should do. </div>
<div><br></div><div>Best regards.</div><div>Banafsheh</div><div><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 18, 2012 at 5:11 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5">On 18/02/2012 7:23 PM, Banafsheh Mehrazma wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all;<br>
I am wondering if the amber99 in gromacs package is the same as PARM99<br>
in Amber package, so that I can use the new modified parameters (which<br>
is made in Amber package) in my simulation in gromacs? Or should I<br>
make some changes?<br>
</blockquote>
<br></div></div>
These should function the same - but you should check yourself that each cites the same literature.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Mark<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>