Hi GROMACS users,<br>                            I am a very novice to GROMACS.. ..<br>My question may be very simple but very important to me..!!!<br>These may be very basics...<br><br>1.  What is the meaning of comm_mode and nstcomm..<br>
     I read the manual but unable to digest it..so please<br>     explain in more detail along with its effect on system..<br>    <br>2.  When I am want to study self assembly of protein what<br>    should my comm_mode -linear or angular or none ??<br>
 <br>3. what is the meaning of emtol in minimisation proces??<br>    Should I take emtol value more or less to come to minimum energy <br>    state ??? the structure on which I am working is not having any <br>     crystal or NMR structure , so I need the maximum energy<br>
     minimised structure<br> <br>4.  When I am doing energy minimisation the gromacs shows<br>    (potential energy= -2.07)<br>    conjugate gradient step wise to small or no change in energy .<br>    converged to machine precision in 15881 step  <br>
    but dindnīt reach to the requested Fmax&lt;10<br>   What should to do??<br>   or the structure I get is energy minimised or not..???<br> <br>  please give me your valuable advice..These help me a lot  <br>   <br> Thank you in advace !!!<br>