Dear Justin and Gmx Users,<br><br>I run a pulling of my ligand away from
 my protein with the same mdp file and I obtained two different plots -
 Force vs time (The breaking point occured at different times with different force). Can you please explain?<br>
My mdp file:<br><br>title       = Umbrella pulling simulation <br>define      = -DPOSRES_L<br>; Run parameters<br>integrator  = md<br>dt          = 0.002<br>tinit       = 0<br>nsteps      = 250000    ; 0.5ns<br>nstcomm     = 10<br>

; Output parameters<br>nstxout     = 5000      ; every 10 ps<br>nstvout     = 5000 <br>nstfout     = 500<br>nstxtcout   = 500       ; every 1 ps<br>nstenergy   = 500<br>; Bond parameters<br>constraint_algorithm    = lincs<br>

constraints             = all-bonds<br>continuation            = yes       ; continuing from NPT <br>; Single-range cutoff scheme<br>nstlist     = 5<br>ns_type     = grid <br>rlist       = 0.9<br>rcoulomb    = 0.9<br>rvdw        = 0.9<br>

; PME electrostatics parameters<br>coulombtype     = PME<br>fourierspacing  = 0.12<br>fourier_nx      = 0<br>fourier_ny      = 0<br>fourier_nz      = 0<br>pme_order       = 4<br>ewald_rtol      = 1e-5<br>optimize_fft    = yes<br>

; Temperature coupling is on<br>tcoupl      = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat<br>tc_grps     = Protein_LIG Water_and_ions   ; two coupling groups - more accurate<br>tau_t       = 0.1   0.1                     ; time constant, in ps<br>

ref_t       = 298   298                     ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl          = Parrinello-Rahman <br>pcoupltype      = isotropic<br>tau_p           = 1.0       <br>

compressibility = 4.5e-5<br>ref_p           = 1.0<br>; Generate velocities is off<br>gen_vel     = no <br>; Periodic boundary conditions are on in all directions<br>pbc     = xyz<br>; Long-range dispersion correction<br>
DispCorr    = EnerPres<br>
; Pull code<br>pull            = umbrella<br>pull_geometry   = distance  ; simple distance increase <br>pull_dim        = N N Y<br>pull_start      = yes       ; define initial COM distance &gt; 0<br>pull_ngroups    = 1<br>

pull_group0     = Protein <br>pull_group1     = LIG182 <br>pull_rate1      = 0.016      ; 0.008 nm per ps = 8 nm per ns<br>pull_k1         = 200      ; kJ mol^-1 nm^-2