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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">

<!--

p

        {margin-top:0;

        margin-bottom:0}

-->

P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Sorry, I forgot to enclose the command line and output<br>

<br>

<br>

&gt; mdrun-gpu -device &quot;OpenMM:platform=Cuda,memtest=15,deviceid=0,force-device=yes&quot; -deffnm md<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.5.5&nbsp; (-:<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz, <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Uppsala University &amp; The Royal Institute of Technology, Sweden.<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br>

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; mdrun-gpu&nbsp; (-:<br>

<br>

Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>

------------------------------------------------------------<br>

&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Run input file: tpr tpb tpa<br>

&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.trr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Full precision trajectory: trr trj cpt<br>

&nbsp; -x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xtc&nbsp; Output, Opt. Compressed trajectory (portable xdr format)<br>

-cpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.cpt&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Checkpoint file<br>

-cpo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.cpt&nbsp; Output, Opt. Checkpoint file<br>

&nbsp; -c&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb etc.<br>

&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.edr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy file<br>

&nbsp; -g&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.log&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Log file<br>

-dhdl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-field&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-table&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>

-tablep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>

-tableb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>

-rerun&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt<br>

-tpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-tpid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

&nbsp;-ei&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.edi&nbsp; Input, Opt.&nbsp; ED sampling input<br>

&nbsp;-eo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.edo&nbsp; Output, Opt. ED sampling output<br>

&nbsp; -j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.gct&nbsp; Input, Opt.&nbsp; General coupling stuff<br>

&nbsp;-jo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.gct&nbsp; Output, Opt. General coupling stuff<br>

-ffout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-devout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-runav&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

&nbsp;-px&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

&nbsp;-pf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>

-mtx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.mtx&nbsp; Output, Opt. Hessian matrix<br>

&nbsp;-dn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>

-multidir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md&nbsp; Input, Opt., Mult. Run directory<br>

<br>

Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>

------------------------------------------------------<br>

-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>

-[no]version bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print version info and quit<br>

-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>

-deffnm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string md&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the default filename for all file options<br>

-xvg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; xmgrace&nbsp; xvg plot formatting: xmgrace, xmgr or none<br>

-[no]pd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use particle decompostion<br>

-dd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; vector 0 0 0&nbsp;&nbsp; Domain decomposition grid, 0 is optimize<br>

-npme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of separate nodes to be used for PME, -1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; is guess<br>

-ddorder&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; interleave&nbsp; DD node order: interleave, pp_pme or cartesian<br>

-[no]ddcheck bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check for all bonded interactions with DD<br>

-rdd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The maximum distance for bonded interactions with<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DD (nm), 0 is determine from initial coordinates<br>

-rcon&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum distance for P-LINCS (nm), 0 is estimate<br>

-dlb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; auto&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dynamic load balancing (with DD): auto, no or yes<br>

-dds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimum allowed dlb scaling of the DD cell size<br>

-gcom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Global communication frequency<br>

-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br>

-[no]compact bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write a compact log file<br>

-[no]seppot&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write separate V and dVdl terms for each<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interaction type and node to the log file(s)<br>

-pforce&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print all forces larger than this (kJ/mol nm)<br>

-[no]reprod&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Try to avoid optimizations that affect binary<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reproducibility<br>

-cpt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Checkpoint interval (minutes)<br>

-[no]cpnum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Keep and number checkpoint files<br>

-[no]append&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Append to previous output files when continuing<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; from checkpoint instead of adding the simulation<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; part number to all file names<br>

-maxh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Terminate after 0.99 times this time (hours)<br>

-multi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do multiple simulations in parallel<br>

-replex&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Attempt replica exchange every # steps<br>

-reseed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seed for replica exchange, -1 is generate a seed<br>

-[no]ionize&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do a simulation including the effect of an X-Ray<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bombardment on your system<br>

-device&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string OpenMM:platform=Cuda,memtest=15,deviceid=0,force-device=yes&nbsp; Device option<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string<br>

<br>

<br>

Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.1#<br>

Reading file md.tpr, VERSION 4.5.5 (double precision)<br>

<br>

Back Off! I just backed up md.edr to ./#md.edr.1#<br>

<br>

WARNING: OpenMM does not support leap-frog, will use velocity-verlet integrator.<br>

<br>

<br>

WARNING: OpenMM supports only Andersen thermostat with the md/md-vv/md-vv-avek integrators.<br>

<br>

<br>

WARNING: OpenMM provides contraints as a combination of SHAKE, SETTLE and CCMA. Accuracy is based on the SHAKE tolerance set by the &quot;shake_tol&quot; option.<br>

<br>

<br>

WARNING: Non-supported GPU selected (#0, GeForce GTX 580), forced continuing.Note, that the simulation can be slow or it migth even crash.<br>

<br>

<br>

Pre-simulation ~15s memtest in progress...done, no errors detected<br>

starting mdrun 'Protein in water'<br>

-1 steps, infinite ps.<br>

Killed<br>

<br>

<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">

<hr tabindex="-1">

<div style="direction: ltr;" id="divRpF721829"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Efrat Exlrod<br>

<b>Sent:</b> Monday, February 20, 2012 11:33 AM<br>

<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>

<b>Subject:</b> Gromacs-GPU benchmark test killed after exhausting the memory<br>

</font><br>

</div>

<div></div>

<div>

<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt;">

Hi,<br>

<br>

I have Gromacs- GPU version 4.5.5 and GTX 580. <br>

I run dhfr-solv-PME benchmark test (see below) and my run is killed after couple of hours when it exhausts all the computer memory, including the swap (2G &#43; 4G swap).<br>

Has anyone encountered this problem? What do I do wrong?&nbsp; <br>

<br>

Thanks, Efrat</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>