<div dir="ltr"><div>Hi</div><div> </div><div>I ran a md simulation for a system with two groups: Surrounding , LIG.</div><div>I wish to set the charges of the surrounding group to zero and to recalculate the Coulomb interactions between the groups.</div>
<div>For this purpose I used tpbconv  with the -zeroq option:</div><div> </div><div>tpbconv_d -s md_prev.tpr -f md_prev.trr -n -o md_new.tpr -zeroq</div><div>and I selected the surrounding group as the group that will be &quot;zeroed&quot;.</div>
<div> </div><div>next I ran a rerun:</div><div> </div><div>mdrun_d -nt 8 -v -deffnm md_new -rerun md_prev.xtc</div><div> </div><div>after the rerun finished I used g_energy to analyze the results:</div><div> </div><div> g_energy_d -f md_new.edr -o md_new.xvg</div>
<div> </div><div>The Coul-SR:Surrounding-Surrounding was 0 as expected and so was Coul-SR:Surrounding-LIG</div><div>the problem is that also Coul-SR:LIG-LIG was also 0 (and the same for the LR values).</div><div>Could anyone please help me understand why this happened?</div>
<div> </div><div>Thank you very much</div><div>Yocheved</div></div>