Dear Gromacs Users!<br><br><br><br>I&#39;d like to change default protonation state of some specified Glu and Asp residues im my protein.<br><br>By defaylt pdb2gmx -ignh create unprotonated state of the negatively charged residues but I want to make 2 of such residues protonated to mimick some intermollecular interactions.<br>

<br>How I could make such edition to my structure ? Is it possible to make such changing AFTER pdb2gmx processing of my structure ( manually editiong GRO or PDB file and TOPOLOGY)?<br><br><br>Thanks<br><br>James<br>