<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 22/02/2012 3:11 AM, mohammad agha wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1329840694.95617.YahooMailNeo@web125701.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: bookman old style,new york,times,serif;
        font-size: 14pt;">
        <div>Dear Gromacs Specialists,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I made a box consists of water with box lengths:&nbsp; 6nm&nbsp; *
          6nm&nbsp; * 6nm , then I equilibrated it with NPT ensemble, box
          size increased to 6.66176, then I <font face="Arial"><font
              size="3">kept the <i>x-</i> and <i>y-</i>dimensions
              fixed, and double the system size in <i>z as following:</i></font></font></div>
        <div><font face="Arial"><font size="3"><i>editconf -f pr1.gro -o
                newbox1.gro -box 6.66176 6.66176 13.32352 -center
                3.33088 3.33088 3.33088<br>
                Next that, I placed one surfactant in center of water
                phase as following:</i></font></font></div>
        <div><font face="Arial"><font size="3"><i>editconf -f
                surfactant.gro -o newbox-cta.gro -box 6.66176 6.66176
                13.32352 -center 3.33088 3.33088 1.66544<br>
                genbox -cp newbox-cta.gro -cs newbox1.gro -o newbox2.gro</i></font></font></div>
        <div><font face="Arial"><font size="3"><i>and I added one ion to
                my system, then ran md.mdp for production simulation. <br>
              </i></font></font></div>
        <div><font face="Arial"><font size="3"><i>Do I have one
                air/water interface in my system?</i></font></font></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    You need to use visualization software and see if the configuration
    looks like you intend it to look. You certainly don't have an
    air-water interface if one of them is vacuum.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>